Можно часто услышать, что толчок развитию современной археологии в Японии дал профессор Эдвард С. Морс, первым понявший, что наличие раковинных куч говорит о том, что на Японских островах в неолите жили люди. В 1879 году С. Морс приступил к раскопкам кьёккенмёдингов Омори, расположенных вдоль линии железной дороги, связывающей Иокогаму с Токио. Его вышедшая на английском языке работа «Раковинные кучи Омори» открыла длинную череду публикаций о доисторических археологических памятниках. По мере того как обнаруживались все новые и новые памятники, относящиеся к данному периоду, постепенно начало складываться представление об этой культуре. В Токийском университете изучение антропологии шло под руководством Сёгоро Цубои, а другой выдающийся ученый, Рюдзо Тории, посвятил себя исследованию проблем антропологии и этнологии в доисторические времена и в культуре айнов. В 1929 году Касива Ояма основал Институт доисторического периода и занимался раскопками памятников неолита в течение пятнадцати лет, вплоть до закрытия института во время войны. Многие ученые-археологи, чьи имена вписаны золотом в историю археологии Японии, выросли в академической атмосфере этого учебного заведения и были воспитаны на его изданиях — таких, как «Shizengaku Zasshi».
Однако подлинное понимание хронологии каменного века, основанное на типологии керамики, появилось в 1937 году — тогда, когда Сугао Яманучи выделил пять классов, которые подразделялись на четко определенные и последовательно сменявшие друг друга типы. С этого времени при датировке находок периода неолита ученые с успехом пользовались системой С. Яманучи. Этот период получил название Дзёмон — от названия техники украшения керамики шнуровым орнаментом. Особенно много памятников этого периода находится в северной части Хонсю, на равнине Канто, где была обнаружена почти тысяча раковинных куч, а также в центральных горах. Наличие сравнительно тонкого культурного слоя в южной части островов, возможно, объясняется более ранним переходом этих регионов к использованию бронзы и железа и более важным значением, которое имели эти периоды для местного населения.
В 1884 году в Яёймати, находящемся в Токийском районе Хонго, была обнаружена керамика еще одного типа. Эти изделия, изготовленные на гончарном круге и почти всегда лишенные каких бы то ни было декоративных украшений, были обнаружены в археологических ассоциациях с керамикой бронзового века. Данная находка дала толчок началу исследований, которые помогли определить характерные черты керамики данного периода, носящего название Яёй. Для получения информации об этом времени было необходимо провести раскопки ряда объектов, зачастую расположенных на достаточно удаленных друг от друга участках. Работы велись в деревнях, на остатках древних рисовых полей, кладбищ и в местах обнаружения кладов. К счастью, многие находки были сделаны в 30-х годах XX века и позже — тогда, когда археологи уже взяли на вооружение более современные научные методы. При таких широкомасштабных исследованиях особо эффективным оказалось умение японских ученых работать единой командой. Отчеты о результатах раскопок публиковались Комиссией по охране культурных ценностей при правительстве страны.