В то время как единого мнения по поводу терминологии пока нет, большинство ученых при характеристике микролитических индустрии и керамики ранних периодов отдает предпочтение использованию термина «мезолитический». Бесспорно, в данном случае налицо определенные временные накладки, ведь керамика и микролиты периода раннего Дзёмон находят рядом в одних и тех же поселениях, например в Тадо, в городе Йокосука. Однако эпоха Дзёмон сама по себе не является границей между мезолитом и неолитом, хотя следут отметить, что принято считать термины «Дзёмон» и «неолит» синонимами. И действительно, со временем эти два понятия становятся все более близкими.
Раскопки на острове Иидзима, префектура Кагава, находящемся во Внутреннем Японском море напротив города Тамано, префектура Окаяма, выявили довольно разнообразную индустрию: здесь были обнаружены очень небольшие по размеру отщепы с параллельными краями — иногда не более 1,5 сантиметра в длину, ретушированные острия с двусторонней заточкой и нуклеусы. Нельзя сказать с полной уверенностью, что они точно принадлежат к «докерамическому» периоду, так как многие из наконечников метательных орудий мало чем отличаются от аналогичных образцов эпохи Дзёмон. Форма данных острий разнообразна, но большая их часть — это изделия практически правильной треугольной формы с вогнутым основанием.
В целом эпоху Дзёмон на протяжении основной части его существования можно назвать поздним неолитом; на юге Японии она даже захватывает бронзовый и железный век. В этот период существовали лишь зачатки самых примитивных форм сельского хозяйства, а одомашнивание животных едва ли имело место до последнего тысячелетия рассматриваемого нами этапа развития территории. Жизнь людей в составе небольших родовых групп проходила рядом с раковинными кучами на побережье моря или по берегам рек; ее основными чертами были совершенствование приемов собирательства и охоты, а также взаимной защиты соплеменников. Таким образом, это не были сельскохозяйственные общины в полном смысле этого слова.
Деление эпохи Дзёмон на периоды было произведено в соответствии с типами керамики, которые С. Яманучи соотносит с пятью стадиями эволюции гончарного мастерства. Эти периоды довольно продолжительны и потому не требуют наличия специальных знаний типологии керамики и вполне могут быть указаны в тех случаях, когда сложно отнести предмет к какому-то конкретному типу. Тем не менее, временные рамки достаточно узки для того, чтобы определить возраст рассматриваемого материала в пределах тысячи лет (что для датировки в пределах эпохи Дзёмон зачастую имеет принципиальное значение). Японские названия этих периодов эпохи Дзёмон — Со-ки, Дзен-ки, Чу-ки, Ко-ки и Бан-ки — едва ли можно буквально перевести на менее образный английский язык, поэтому в английском языке им соответствуют: самый ранний Дзёмон, ранний Дзёмон, средний Дзёмон, поздний Дзёмон и самый поздний Дзёмон. Дж. Грут назвал их несколько по-другому: прото Дзёмон, ранний Дзёмон, средний Дзёмон, поздний Дзёмон и заключительный Дзёмон. Эти периодизации признаны всеми учеными, однако в первую очередь они применимы к археологическим находкам на острове Хонсю. Специалисты, работающие на островах Кюсю и Хоккайдо, придерживаются собственной терминологии: ранний, средний и поздний Дзёмон для острова Кюсю, а для острова Хоккайдо после ранних периодов — Дзенхоку (ранний северный) и Кохоку (поздний северный) — они используются наряду с местными названиями поселений, где были найдены артефакты. В последнее время археологи, специализирующиеся на раскопках на острове Хонсю, по примеру своих коллег тоже стали все чаще добавлять названия поселений к изготовленным на острове Хоккайдо артефактам. Недостаток данной тенденции в том, что другие острова как бы изолируются от Хонсю, хотя, по крайней мере на протяжении определенных этапов эпохи Дзёмон, развитие этих регионов нельзя рассматривать в отрыве друг от друга.