Вся зона ниже промежуточного слоя занята глубинными водами. Средняя температура их 12–13°. Соленость тут высокая — 38,5%о. Вообще средняя соленость моря высока — 38–39%о по сравнению с 35%о в океане. Уже говорилось, что из-за сильного испарения вода в Средиземном море становится более соленой, ее плотность нарастает и поэтому она погружается на глубину, а избыток плотной придонной воды утекает в Атлантический океан через порог Гибралтарского пролива. Метафорически Средиземное море можно охарактеризовать как «дышащее», вдыхающее поверхностную воду из Атлантики и выдыхающее глубинную воду как противотечение.
Приливы в Средиземном море очень невелики. Более или менее значительны они только в заливе Габес (Тунис) и на севере Адриатики. Температура воды зависит от сезона и района моря. Самые высокие температуры наблюдаются у африканских берегов — выше 30°, но такие же температуры и у берегов Турции. Самые низкие значения отмечены в Северной Адриатике, где среди зимы иногда образуется лед.
В поверхностном слое по всему Средиземному морю до глубины 200 м велико содержание кислорода. В промежуточном слое содержание кислорода тоже высокое, если водные массы опустились недавно. Продвигаясь на запад, воды теряют часть кислорода — самое низкое содержание его наблюдается в юго-западной части моря, в Алжирско-Прованском бассейне.
Питательными солями, такими, как фосфаты, нитраты, нитриты, воды Средиземного моря бедны. Как и в других морях, эти питательные соли обнаруживают сезонные колебания: их концентрация возрастает весной. Бедность Средиземного моря питательными солями объясняется несколькими факторами, из которых наиболее существенный тот, что основной приток воды море получает за счет поверхностных вод Атлантического океана, которые сами небогаты этими веществами. В западной части Средиземного моря на глубине ниже 1000 м содержание фосфатов и нитратов в два раза меньше, чем содержание их на той же глубине в океане. Нехватка питательных солей, так необходимых для поддержания жизни в море, приводит к ограниченной продуктивности региона.
Первичная продукция живого вещества, которая зависит прежде всего от питательных солей, вообще невысока в Средиземном море. Потенциальная продуктивность, измеряемая методом радиоактивного углерода С14 и выражаемая в миллиграммах органического углерода, произведенного за 24 часа на 1 м3 воды, колеблется в разных районах от 5 до 150 мг С/м3/24 ч. Самая низкая величина продуктивности в море Леванта, а также в Ионическом море (7—21 мг С). Самая высокая первичная продукция наблюдается весной у египетских берегов, в районе Нила, и до постройки высотной Асуанской плотины достигала внушительной цифры в 700 мг С/м3/24 ч. В настоящее время эта цифра уменьшилась.