Согласно Марку 14:17 [Ср. с Матфеем 26:20 и Лукой 22:14.], когда Господь поднялся в верхнюю комнату для Тайной Вечери, Его сопровождали двенадцать апостолов, возлегших с Ним за столом, и ничто в Синоптических Евангелиях не указывает, что помимо них там был кто-нибудь еще. Это позволяет заключить, что "любимый ученик" был одним из двенадцати апостолов. Далее, из этих двенадцати в особо близких отношениях с Учителем состояли Петр, Иаков и Иоанн. Именно им, например, велел Он бодрствовать вместе с Ним во время своего ночного бдения в Гефсиманском саду после Тайной Вечери (Map. 14:33). Естественно ожидать, что любимый ученик входил в число этих трех. Это не мог быть Петр, от которого его ясно отличают тексты 13:24; 20:2; 21:20. Остаются двое сынов Зеведеевых, Иаков и Иоанн, входящих в семерку 21 главы. Но Иаков принял мученический конец не позднее 44 г. (Деян. 12:2), и маловероятно, чтобы о нем распространилось речение Иисуса о Своем любимом ученике, что тот не умрет (21:23). Таким образом, остается один Иоанн.
Существует теория, что Иоанн также претерпел мученическую смерть в весьма ранний период, но ее основания крайне шатки. Как говорит профессор А. С. Пики: "Предполагаемое мученичество апостола Иоанна я твердо отрицаю. Доверие, оказываемое этой теории, поразительно, учитывая зыбкое свидетельство, на котором она основана, и которое вызвало бы только презрительную усмешку, будь оно предложено в основание консервативного заключения". [Holborn Review, 1928 г., июнь, стр. 384.]
Далее, замечательно, что Иоанн ни разу не упоминается по имени в четвертом Евангелии (как и брат его, Иаков). Отмечалось также, что в то время, как другие евангелисты неизменно говорят об Иоанне Крестителе именно как об Иоанне Крестителе, четвертый евангелист упоминает его просто как Иоанна. Обыкновенно автор стремится различать двух действующих лиц своего повествования, носящих одинаковые имена, но он не будет столь озабочен этим, если сам является одним из них. Четвертый евангелист, сам отличает Иуду Искариота от Иуды, который был "не Искариот" (14:22). Тем показательней, что он не уточняет имени Иоанна Крестителя в связи с апостолом Иоанном о существовании которого он должен был знать, хотя и не упоминает по его имени.
Как правило, анализ документов позволяет установить, был ли их автор непосредственным свидетелем описываемых событий. Интересно в этой связи упомянуть заключение Дороти Сэйерс, исследовавшей эту проблему с точки зрения писателя: "Следует помнить, что из четырех Евангелий Иоанново, единственное, претендует на статус свидетельства очевидца. И для всякого, кто привык в работе с документами пользоваться воображением этот документ отвечает такому статусу.