Он учил, что Богу угодно крещение, если его совершают не с тем, чтобы получить прощение определенных грехов, но чтобы очистить тело, тогда как душа уже очищена праведностью. И когда люди стали собираться вокруг него (ибо велико было впечатление тех, кто слышал его слова), Ирод испугался, что такая великая сила убеждения может привести к восстанию, ибо люди, казалось, были готовы следовать его совету во всем. Тогда он решил, что много лучше будет схватить его и убить прежде, чем возбудит он какое-либо волнение, нежели каяться впоследствие от того, что это не было сделано, когда мятеж уже возымеет место. Вследствие этого подозрения Ирода, Иоанн был послан закованным в цепи в Макару, крепость нами выше упомянутую, и там предан казни. Евреи верили, что в отмщение за него катастрофа постигла войско, и что Бог желал навести зло на Ирода".
Имеются разительные расхождения между этим и евангельским рассказами: согласно Марку 1:4, Иоанн проповедовал "крещение покаяния для прощения грехов", что отрицает Иосиф, а смерть Иоанна приобретает у Флавия политическое значение, тогда как, согласно Евангелиям, ее причиной было осуждение Иоанном женитьбы Ирода на Иродиаде. Вполне вероятно, что Ирод рассчитывал, заточая Иоанна, поймать разом двух зайцев. Что же за расхождения в истолковании значения Иоаннова крещения, то независимые предания, различаемые в Новом Завете, замечательно единодушны на этот счет, а кроме того восходят к гораздо более раннему времени, чем текст Иосифа ("Древности" были опубликованы в 93 г.), и таким образом представляют гораздо более вероятную с религиозно-исторической точки зрения картину. Иосиф, фактически, приписывает Иоанну доктрину крещения ессеев, как она дошла до нас благодаря Кумранским текстам. Но в общем рассказ Иосифа подтверждает Евангелия. Это место у Иосифа известно Оригену (около 230 г) и Евсебию (около 326 г.). [Ориген, Против Цельса, 1:47;Евсебий, История церкви, 1:11.]
Далее в "Древностях" (20:9, 1) Иосиф описывает самочинные действия первосвященника Анания после смерти прокуратора Феста следующими словами:
"Но младший Ананий, который, как мы сказали, стал первосвященником, был смелого характера и исключительно дерзок. Он следовал партии саддукеев, которые, как мы уже показали, суровее в приговорах, нежели все евреи. А так как Ананий был расположен указанным образом, он решил, что получил теперь в свои руки отличную возможность, поскольку Фест был уже мертв, а Альбиний только еще в дороге. Итак, он собрал судейский совет и поставил перед ним брата Иисуса, так называемого Христа, по имени Иаков, вместе с некоторыми другими, и, обвинив их как нарушителей закона, приговорил к побитию камнями".