Одновременно начинается поголовное истребление «факции» тайным сыском, хотя предатели много раньше сделали свое дело и начальник Тайной канцелярии располагал некоторыми именами. Апеллировать к Прасковье Иоанновне теперь бесполезно, называть ее имя как члена царской семьи опасно. Зато связи с ней всплыли волей-неволей на страницах протоколов тайного сыска, как всплывает чуть позже связь Екатерины Иоанновны с подготавливавшимся на Смоленщине выступлением против императрицы. И это опять программа, во многом близкая программе «факции».
Со смертью Прасковьи Иоанновны интерес к Измайлову пропадает. Предложение исправить дворец в 1761 году поддержки не нашло из-за серьезности потерь и повреждений: «…крыша вся валится, також и потолки и стены во многих местах сгнили и подбитой холст прогнил же и происходит великая теча… крыльца все развалились, оконницы стеклянные и слюдяныя бурею выбило… ходить по переходам невозможно». От ремонта отказались. В 1767 году дворец и другие ветхие здания были сломаны. Фундамент дворца пошел на починку каменного моста через пруд.
История словно нарочно небрежно смахивала здесь свои следы. А во второй половине XVII столетия в Измайлове действовали водопровод, ирригационная система с механической подкачкой воды, различные заводы. Возведенный на острове так называемого Круглого пруда дворец окружали каменные стены с сохранившейся до наших дней Мостовой башней, которая завершала семнадцатипролетный мост через речку Серебрянку. По его образцу был позднее возведен первый каменный мост через Москву-реку у Боровицкой башни Кремля, и поныне носящий название Каменного. Продолжают существовать построенные архитектором Терентием Макаровым Восточные и Западные ворота. Львиные ворота в настоящее время перенесены в музей-заповедник «Коломенское». Покровский собор в 1840-х годах был дополнен вплотную примкнувшими к нему корпусами военной богадельни. Разобрана церковь Иосафа, видевшая в своих стенах художников петровских лет Ивана и Романа Никитиных, брат которых Иродион состоял при ней священником.
Хотя система прудов фактически перестала существовать еще при Екатерине II, зверинец просуществовал до Отечественной войны 1812 года, дав название всей местности и современной нам Зверинецкой улице. В 1851 году в Измайлове была построена прядильно-ткацкая фабрика. Но если в наше время появляются силы и средства возрождать хотя бы внешний облик прошлого, может быть, дойдут когда-нибудь руки и до возрождения «первой сельскохозяйственной Академии» со всеми ее затеями и богатствами, которая заставит потомков по-новому увидеть свое далекое прошлое.