Как видим, следователи, опираясь на показания сподвижников Пугачева, рисуют его человеком ловким, предприимчивым, имеющим к тому же дар своего рода актера-импровизатора.
В ходе допросов многих арестованных подвергали истязаниям, казнили. Особенно свирепствовали Панин и его подчиненные. Постепенно всех важнейших деятелей восстания сосредоточили в Москве, где в начале ноября началось следствие по делу Пугачева в Московском отделении Тайной экспедиции Сената. Пугачева, до прибытия в Москву, допрашивали в Яицком городке и Симбирске.
На первом допросе Пугачев вел себя мужественно и спокойно, с большим достоинством и твердостью духа. Маврин, который записывал ответы Емельяна, с удивлением и даже, можно сказать, с уважением ответил: «Описать того невозможно, сколь злодей бодрого духа».
— Что ты, — спросил его Маврин, еще ночью до приезда в городок, — за человек?
— Донской казак Емельян Иванов сын Пугачев. Согрешил я, окаянный, перед богом и перед ее императорским величеством и заслужил все те муки, какие на меня возложены будут. Снесу я их за мое погрешение терпеливо.
На допросе Пугачев подробно рассказал о своем происхождении, житье на Дону, службе в армии и скитаниях, наконец, о ходе Крестьянской войны, своем в ней участии. Очень интересен ответ на вопрос о цели восстания: «…Что ж до намерения итти в Москву и далее, тут других видов не имел, как-то: если пройду в Петербург, там умереть со славою, имея всегда в мыслях, что царем быть не мог. А когда не удастся того сделать, то умереть на сражении. Ведь все я смерть заслужил, так похвальней быть со славою убиту».
Для дальнейшего следствия Пугачева из Яицкого городка должны были повезти или в Казань, как хотел П.С. Потемкин, или в Симбирск. На втором из двух городов настоял главнокомандующий Панин. По приказу последнего, А.В. Суворов взял под охрану Пугачева и направился в Симбирск. Везли его в клетке, специально для того сделанной. Как писал Маврин своему начальнику Потемкину, «чтоб вести его церемониально, для показания черни, велел сделать приличные к тому с решеткою роспуски» (повозку с решеткой).
1 октября Суворов привез Пугачева с женой Софьей и сыном Трофимом в Симбирск. Конвой состоял из двух рот пехоты, 200 казаков и двух орудий. По ночам путь освещали факелы. На другой день в городе появился главнокомандующий. Собралась огромная толпа, и Панин приказал показать людям скованного Пугачева, не постеснявшись собственной рукой дать ему несколько пощечин. Емельяна здесь, на площади, потом на квартире главнокомандующего заставили объявить о своем настоящем происхождении.