Конечно, дворянам выгодно было изобразить Пугачева этаким исчадием ада, извергом рода человеческого, от поступков которого пострадали «всенародно» жители тех районов, где действовал он и его повстанцы. При этом, как всегда бывало в подобных случаях, они выдавали свои неприятности и невзгоды за общенародное бедствие. Правда, Крестьянская война, и в этом одна из ее великих исторических заслуг, показала, как ничто другое, какая стена, баррикада разделяет классовые интересы эксплуатируемых и эксплуататоров. Феодалам, доводы и увещания которых явно били мимо цели, не оставалось ничего иного, как пытать и карать, жечь и вешать, что они и делали с беспощадной жестокостью.
Одновременно с допросами Пугачева предпринимались другие меры. На пути от Симбирска к Москве готовились промежуточные станции (в 60 верстах друг от друга) для ночлегов, где ставились роты для охраны каждой из них. В Москву свозили главных сподвижников Емельяна Ивановича. В Казани, взятие которой восставшими произвело на всех сильнейшее впечатление, на площади прочитали указ о поимке Пугачева и сожгли его портрет, сделанный в Симбирске. Свидетельницей заставили выступить Устинью. Творогов и Федульев каялись в своих прегрешениях. Еще ранее указом императрицы 13 октября 1774 года станицу Зимовейскую переименовали в Потемкинскую и предписали перенести ее на противоположный, левый берег Дона. Указом же 15 января 1775 года реку Яик переименовали в Урал, а Яицкий городок — в Уральск. Власти делали все, чтобы вытравить в народе память о Пугачеве и всем, что с ним было связано.
Пыточных дел мастера во главе с Потемкиным допрашивали Пугачева в Симбирске, выпытывали, «не подкуплен ли он был какими иностранцами или особенно кем из одной или другой столицы, Москвы и Петербурга, на беззаконное объявление себя императором Петром III». Следователям и императрице, которая фактически возглавляла и направляла их работу, казалось, что Пугачевым кто-то руководил, что сам он не мог поднять людей на такое дело по своей неграмотности, темноте. Не могли понять они ту простую истину, что действиями Пугачева и пугачевцев двигало чувство классового протеста, решимости поднять борьбу против зла, несправедливости, угнетения простого народа. Это в какой-то степени понимали и отмечали самые проницательные представители дворянства, например Бибиков, Маврин.
Во время допросов Маврин, даже Потемкин и другие не раз могли убедиться в том, что Пугачев, несмотря на весь царистский камуфляж, выступал по собственной инициативе, при поддержке угнетенных за их интересы, за правое дело. Рунич в записках сообщает, что в ответ на вопросы следователей Емельян Иванович «с твердым голосом и духом отвечал, что никто его как из иностранцев, так из Петербурга и Москвы никогда не подкупал и на бунт не поощрял».