Пугачева и Перфильева возвели на эшафот. Началось чтение сентенции, довольно долгое. Архаров, московский обер-полицеймейстер, громко спросил, когда манифест упомянул имя предводителя восстания:
— Ты ли донской казак Емелька Пугачев?
— Так, государь. Я донский казак Зимовейской станицы Емелька Пугачев.
Емельян в длинном овчинном тулупе все время крестился. Наконец чтение закончилось. Духовник, благословивший осужденных, и чтец сошли вниз. Пугачев, покрестившись на соборы, кланялся на все стороны, говорил:
— Прости, народ православный! Отпусти мне, в чем я согрубил перед тобою! Прости, народ православный!
Экзекутор подал знак, и палачи сорвали с Пугачева тулуп, начали рвать рукава малинового полукафтанья. Пугачев опрокинулся навзничь, и в этот миг его отрубленная палачом окровавленная голова показалась в воздухе, на спице, остальные части тела — на колесе. Быстро расправились и с другими осужденными.
Останки Пугачева вместе с эшафотом и санями вскоре, 12 января, сожгли, и Вяземский, «припадая к высочайшим стопам», доносил императрице об окончании дела Пугачева. Несколько дней спустя Екатерина II приехала в Москву — по случаю заключения мира с Турцией были организованы пышные торжества. И сама она, и власти стремились изгладить из памяти народа мысли, впечатления о Пугачеве и его повстанцах, их страшной казни.
А народ этот, сочувствовавший Пугачеву и его делу, ждавший его с надеждой во всем градам и весям империи Российской, вынужденный молчать и подчиняться, когда в первопрестольной казнили их заступников, не забыл, прославил его в песнях и легендах, пронес память о нем через долгие годы страданий и борьбы, вспоминая имя и дела его в трудные моменты своей жизни и в годы бесстрашной борьбы с угнетателями.
Пугачев, при всей своей безграмотности, темноте, будучи человеком острого ума, «проворным» и проницательным, несомненно, понимал значение и смысл того дела, на которое он поднял огромные массы людей, пошедших за ним. Не мог он не думать о том, что его выступление, несмотря на поражение, не было одиноким в жизни русского народа, истинным сыном которого он был. Он, конечно, как и все его современники, хорошо знал о Разине, его атаманах и казаках, слышал предания о нем, пел, может быть, песни об удалом сыне Дона. Он действовал в тех местах, где сто лет до этого воевали с царскими войсками Разин и разинцы. Пугачев, собственно говоря, продолжил дело Разина, Болотникова, Булавина и других борцов за народную долю. Не мог он не думать и о том, что простой народ, с восторгом встречавший пугачевцев, их манифесты, на его стороне и сейчас, и в будущем. Недаром он столько раз и недвусмысленно говорил о российской «черни», что она, конечно, пойдет за ним, поскольку терпит великие обиды и отягощения, стремится избавиться от барской неволи.