Восставшие побили многих из регулярной команды и старшин. Траубенберг, Дурново и другие офицеры после разгрома их команды скрылись в каменном доме у Тамбовцева. Но это их не спасло — казаки ворвались в дом, нашли Траубенберга (он спрятался под крыльцом) и, изрубив его саблями, бросили на мусорную кучу. Та же участь постигла атамана Тамбовцева, многих старшин и офицеров. Оставшихся в живых разоружили и посадили под караул (более 100 человек). Полностью разгромили походную канцелярию Траубенберга, изорвав все имевшиеся в ней документы. То же сделали и с документами следственной комиссии.
Вечером 13 января на круге восставшие сместили старых старшин и выбрали «для управления народом» новых. Называли их поверенными или присутствующими, судьями. Это были В. Трифонов, Т. Сенгилевцев, А. Лабзенев и другие. Власть в Яицком городке и всем войске перешла к восставшим казакам «непослушной» стороны.
На следующий день, 14 января, по приговору круга казнили некоторых старшин, особо ненавистных рядовым казакам. Остальных привели к присяге войску. Еще через день они составили прошение на высочайшее имя — объясняя все происшедшее неправедными действиями Траубенберга и старшин, они просили «вверить» их для управления «в дирекцию одной персоны», например, графа Г.Г. Орлова или графа И.Г. Орлова, как при Петре I по его указу они были «под дирекциею» генерал-фельдмаршала графа Б.П. Шереметева, «а не от Военной коллегии». Тем самым они давали понять, что не хотели бы подчиняться главе этой коллегии Чернышеву, от которого, по их мнению, и шли все их неприятности и мучения.
Этот наивный подход, деление правительственных деятелей, вельмож на «хороших» и «плохих», «добрых» и «злых» постоянно присутствуют в мыслях и поступках людей той поры, участников восстаний в том числе. Яицкие «непослушные» надеялись на помощь то императрицы, то Орловых, то еще кого-то, но, как всегда, горько просчитались. Власти и не подумали серьезно разобраться в причинах восстания на Яике 13 января и тем более помочь казакам. Их реакция была, конечно, другой — прибывших в Петербург с челобитной Шигаева и трех других арестовали, и 16 февраля их допрашивали в Военном совете. Присутствовали среди прочих и графы З.Г. Чернышев и Г.Г. Орлов.
— Для чего вы, — задали вопрос казакам, — надругались над мертвыми генералом и солдатами и для чего долго их не хоронили?
— Надругательства над ними никакого не делали, — ответил Шигаев, — а похоронили их чрез три дня, потому что земля мерзлая, так не скоро могилы вырыли.
— Где же вы их похоронили?