Колебания казаков, их разногласия, соглашательская политика и нерешительные, а порой попросту предательские действия поверенных, тайное противодействие «послушных» закончились поражением — 3—4 июня корпус Фреймана (более 3,6 тысячи человек, около 20 орудий) разбил на реке Ембулатовке (верстах в 60 от Яицкого городка) казачье войско (менее 2,5 тысячи человек). 6 июня генерал занял Яицкий городок.
По распоряжению императрицы каратели «временно» упразднили казачий круг. Войсковую канцелярию или избу сменила «Управляющая войском Яицким комендантская канцелярия». Комендантом гарнизона назначили подполковника Симонова. Вводилась должность полицмейстера, им стал Тамбовцев, двоюродный брат убитого восставшими войскового атамана. Вскоре его сменил старый недруг «непослушных» казаков старшина Бородин. Из «послушных» же прежде всего организовали команду из 500 человек для охраны порядка в городке. В августе в Оренбурге учредили новую следственную комиссию (ее возглавил полковник В.В. Неронов), которая сразу же начала розыск. Всюду искали и ловили повстанцев.
Так казаки расплачивались за отсутствие единства, колебания и нерешительность. Конечно, не все были такими. Еще в пору приближения войска Фреймана к Яиц-кому городку многие казаки предлагали разгромить его, не допустив к Яику, а потом идти далее, «по пути возмутить помещичьих людей на побег и принимать их в свое войско». Это сообщение императрице гвардии капитана Маврина подтверждает Фрейман: «Нравами ж оные яицкие казаки упрямы, горды, зверски злобственны, как и сие намерение их доказывает, что по разбитии меня хотели идти чрез Волгу в Россию». Действительно, 5 июня, в разгар паники в Яицком городке, к которому подошел Фрейман, около 300—400 казаков на круге у Чагана так и решили — не сдаваться, а идти к Волге, а оттуда к Москве. Говорили среди казаков и об уходе на Кубань. Их предводитель Иван Иванович Ульянов, по словам одного казака (он по его приказу агитировал в городке других казаков в пользу похода и был схвачен), «пробраться намерение имеет к Волге, а оттоль, минуя Черкасское (т. е. Черкасск — столицу Войска Донского. — В. Б.), в Кубань, к живущим тамо беглым с Дону казакам, называемым некрасовцами». Ульянов, как видно, не прочь был вместе с другими уйти на Кубань, как это сделал И. Некрасов, сподвижник К. Булавина, в 1710 году после поражения Третьей крестьянской войны. Но этот план — один из вариантов. Другой — поход в центр Европейской России. Те, кто предлагал такой поход, не без оснований, конечно, рассчитывали поднять на борьбу массы крепостных крестьян.