Акты давления со стороны Ирана тем более приводили Саддама в замешательство, что они совпали с огромной волной шиитских мятежей. К концу десятилетия стало очевидно, что шиитская проблема сменила курдскую и стала главной внутренней опасностью, гораздо более серьезной для режима Саддама, чем предыдущая. Какой бы острой ни была курдская проблема, она никогда не угрожала Баас настолько, насколько ей могло угрожать шиитское движение. Хотя курды всегда служили проводниками иностранного вмешательства во внутренние дела Ирака и даже угрожали распадом Ирака и крахом режима Баас, они оставались неарабским меньшинством. Их национальные устремления всегда вызывали враждебность у большинства иракцев, и поэтому всегда можно было сплотить массы в поддержку режима, отвергавшего попытки курдов «отнять у арабской нации часть ее земель». Наоборот, шиитское сообщество всегда было неразрывной частью арабской нации и самым большим религиозным сообществом в Ираке. Следовательно, если бы они бросили открытый вызов законности Баас, это было бы сильнейшим ударом по режиму. На идеологическом уровне отделение шиитов выбивало почву из-под ног Баас, ибо как она могла нести знамя панарабизма, если ей не удавалось сохранить единство в собственной стране? На практическом уровне бунт подавляющего большинства иракского народа неизбежно привел бы к тяжким последствиям для стабильности режима.
Начало шиизма восходит к политическому противостоянию после кончины пророка Мухаммеда в июне 632 года н. э. Сразу же после смерти Мухаммеда его двоюродный брат и зять Али Ибн-Али-Талиб заявил права на наследие как самый близкий родственник. Его желание не осуществилось, и Мухаммеду наследовал его тесть и один из его старых друзей, Абу Бекр, в качестве первого халифа, главы сообщества и государства. А когда Али, в конце концов, унаследовал халифат в 656 году, его главенство постоянно оспаривалось, серьезнее всего — правителем Сирии по имени Муавия ибн-Абу Суфьян.
В качестве главы дома Омейядов, выдающейся семьи, находящейся в родстве с потомками пророка Хашимитами, Муавия хотел отомстить за убийство предшественника Али и тоже Омейяда, халифа Османа-ибн-Аффана. Вражда между Муавией и Али проходила через разные стадии, некоторые из них отличались неистовостью. Когда Али готовился к решающей битве со своим соперником, он был убит в январе 661 года в главном городе Ирака Куфе. Муавия захватил халифат и основал династию Омейядов со столицей в Дамаске.
Через несколько десятилетий жители Куфы подговорили второго сына Али, Хусейна, выступить против династии Омейядов. Поддавшись искушению, он выполнил их желание, но понял, что его земляки не поддержат это дерзкое предприятие. Он бежал от наступающего войска Омейядов и укрылся в городе Кербеле, приблизительно в 60 милях к юго-западу от Багдада, где вскоре оказался в осаде. Командующий экспедиционными войсками Омейядов предложил ему сдаться, но Хусейн, считая, что, как внук Пророка, он неуязвим, отказался. Он был убит в последовавшей битве 10 октября 680 года, и голову его отослали в Дамаск.