Когда правительственные учреждения были оперативно освобождены от нежелательных элементов, партия сделала шаг, чтобы укрепить свою власть над военными. В декабре 1968 года Фейсал аль-Анзари был вынужден уйти в отставку со своего поста начальника штаба, на который его назначили после «второй революции». Вскоре после этого он был арестован и приговорен к 12 годам тюрьмы по обвинению в заговоре. Его заменил Хаммад Шихаб, наиболее расположенный к Саддаму военный. Офицеры, чья верность партии вызывала сомнения, были заменены баасистами или им сочувствующими, включая нескольких дивизионных командиров. Многие из них были арестованы, их пытали. К концу 1970 года в армию была внедрена сложная система политических комиссаров, принадлежащих к аппарату безопасности Саддама: они успешно обходили систему обычного военного подчинения и тщательно контролировались самим Саддамом.
В сентябре 1968 года Саддам в первый раз обратился к практике, которую он довел до потрясающего совершенства в последующие два десятилетия: разоблачение сфабрикованных «заговоров», аресты и казни их участников. Раскрытый «заговор» был якобы задуман масонской группой в южном городе Басре, и «заговорщики» будто бы были пойманы с поличным в церкви.
Авторство «техники заговоров» принадлежит не Саддаму: за два года, следующие за покушением на Касема в 1959 году, иракский диктатор хвастался, что раскрыл 27 заговоров против себя. Хотя эта цифра явно преувеличена, несколько заговоров действительно было. Для Саддама, наоборот, заговоры с самого начала были отличным инструментом, чтобы устранить действительную и потенциальную оппозицию, чтобы посылать сигналы, направленные внешним врагам (таким как Сирия и Иран) и терроризировать население, принуждая к раболепству. Среди многочисленных «заговоров», которые были «раскрыты» на протяжении 1970-х и 1980-х годов только один может быть безоговорочно подтвержден — заговор саддамовского палача и главы службы безопасности Надима Каззара в 1973 году. Остальные, скорее всего, использовались просто в качестве средства для укрепления положения Саддама и отвода критики от чрезвычайных мер по обеспечению безопасности.
Через три месяца после «разоблачения заговора» в сентябре 1968 года был учрежден особый «Революционный суд», чтобы судить «шпионов, агентов и врагов народа». Состоящий из трех офицеров без юридического образования, этот суд даже по иракским представлениям был пародией на процесс судопроизводства. Обычными обвинениями в этом суде были «заговор с целью свержения правительства» и «шпионаж в пользу Соединенных Штатов, Израиля или Ирана». Некоторые процессы показывались по телевидению, и иракский народ мог видеть и слышать ложные признания бывших политиков и чиновников. В одном таком случае бывший министр внутренних дел Рашид Мусли, который вышел из Баас и присоединился к Арефу, признался, что был шпионом ЦРУ, и был казнен. Абдель Рахман аль-Баззаз, бывший премьер, и Абдель Азиз аль-Укейли, бывший министр обороны, которых судили вместе с Мусли летом 1969 года, но которые ни в чем не признались, получили длительные сроки тюремного заключения.