Однако Саддам всегда смотрел на отношения с коммунистами чисто практически. Его никогда чрезмерно не беспокоила идеологическая сторона доктрины. Для него самого коммунизм был иностранной идеологией, не соответствовавшей национальным, духовным и экономическим потребностям арабов: «Традиционно марксизм привлекает угнетенных. Однако в случае арабской нации дело обстоит не так… Социалистические программы в арабской истории исходили не только от бедных, но и от людей, которые сами не знали угнетения, но стали лидерами бедняков. У арабской нации никогда не было такого классового сознания, как у других наций». Однако его всегда глубоко тревожила народная база этого движения и его эффективная организационная структура, особенно в таких чувствительных сегментах иракского общества, как угнетенные курды и шииты.
Верный своей привычке подходить к упорному врагу как бы сбоку, Хусейн предложил Бакру добиться хороших отношений и сотрудничества с коммунистами, чтобы дать Баас передышку, столь необходимую для укрепления своей власти. В начале августа 1968 года коммунистам предложили войти в правительство. Через месяц, в рамках всеобщей амнистии, многих арестованных коммунистов выпустили из тюрем, а ссыльным коммунистам разрешили вернуться в Ирак. Реакция коммунистов, однако, разочаровала. Расхваливая ярый антисионизм баасистского режима и антиимпериалистическую позицию, ИКП критиковала ее «угнетение рабочего класса» и отказалась участвовать в правительстве, пока Баас не либерализует политическую жизнь Ирака: допустит образование многопартийной системы, образует демократическое коалиционное правительство и предоставит курдам настоящую автономию. Уклончивая готовность Баас выполнить эти требования позже была отклонена ИКП.
Даже хотя у Бакра и Саддама не было намерения делиться с коммунистами реальной властью, и их предложение ИКП нескольких министерств было сделано только с целью сдержать коммунистический вызов, парочка была сильно раздражена реакцией коммунистов. Они истолковали противоречивые сигналы, исходящие от ИКП, как признак того, что на самом деле она не была заинтересована в сотрудничестве, но просто пыталась вытеснить баасистский режим. Последствия этой оценки были ужасны. Довольно скоро службы безопасности Саддама с привычным зверством принялись еще за одну крупномасштабную чистку: коммунистов арестовывали сотнями и при таинственных обстоятельствах, пытали и казнили.
На этот раз, однако, Саддам встретил противника не меньших масштабов. Коммунисты отказались быть ягненком, которого ведут на бойню. Нападения на их ряды были встречены в штыки, а более воинственные элементы из ИКП образовали небольшие вооруженные отряды, чтобы свергнуть правление Баас. Они ворвались в официальное помещение Баас и разграбили его. Они даже обстреляли дом Саддама. Заместитель председателя ответил огнем и мечом: 23 марта 1970 года видного коммунистического лидера Мухаммеда Ахмеда аль-Хадри нашли мертвым на улице в Багдаде, что возвестило новую волну арестов, пыток и казней коммунистов. Они продолжались весь год и вышли далеко за пределы Багдада. Пока Саддам бил коммунистов большим партийным кнутом, Бакр предлагал им пряник: он разрешил публикацию коммунистического журнала и даже принял коммуниста Азиза Шерифа в свой кабинет в качестве министра юстиции.