Теперь, когда Иран решил, что он больше не связан старым договором, он отказался платить Ираку пошлину и подчиняться требованию, чтобы все суда в Шатт плыли под иракским флагом. В ответ Ирак заявил, что односторонний отказ Ирана от договора 1937 года — вопиющее нарушение международного права. Подчеркивая, что весь Шатт-эль-Араб является неотъемлемой частью Ирака и единственным выходом страны в Залив, Багдад пригрозил, что не разрешит иранским судам использовать водное пространство, если они не согласятся с требованиями относительно флага. Полностью игнорируя это предупреждение, 24 апреля 1969 года иранский торговый корабль в сопровождении военного флота и под прикрытием истребителей прошел по спорным водам и не заплатил пошлины Ираку, как предусматривал договор 1937 года. Ирак не остановил иранский корабль, но очень скоро обе страны разместили войска вдоль Шатта.
Саддам был глубоко обеспокоен действиями Ирана.
— В последней четверти XX века никому не позволено нарушать международные договоры, — сказал он, по иронии судьбы подрывая свои собственные недавние аргументы в пользу иракского вторжения в Кувейт. — Тот аргумент, что этот договор был заключен при господстве империализма и, следовательно, должен быть отменен, не выдерживает критики. Вторая мировая война поставила условия, которые могут кому-то показаться несправедливыми, но они стали политической реальностью. Изменение этих условий может привести человечество к третьей мировой войне.
О глубине беспокойства Саддама говорила также высылка приблизительно 10 000 иранцев из Ирака, а также возобновление старых притязаний Ирака на иранский район Хузистан (по-арабски Арабистан) и образование Народного фронта за освобождение Арабистана. На этой территории жили и персы, и арабы; арабы в Хузистане получили независимость от персидского шаха в 1857 году, но в начале XX столетия Хузистан был снова присоединен к Персии. Тем не менее, сепаратистские арабские чувства не утихали, а временами разжигались панарабскими лидерами, такими как Насер или сирийская Баас. Когда Саддам начал разыгрывать эту карту, двусторонние отношения между Ираном и Ираком вскоре испортились окончательно.
Каким бы важным ни был вопрос о Шатт-эль-Араб, он не был самым тревожным аспектом имперских притязаний Тегерана относительно Ирака.
Если бы шах ограничился только этим, Баас могла бы неохотно и уступить. Однако, к раздражению Саддама, Иран не ограничил свои действия вопросом о Шатте, но вновь нашел давний способ дестабилизации Ирака — курдскую проблему.