Соймонов пролагал маршруты новых путешествий через тайгу, за моря в Америку, вниз по Амуру, пресекал попытки китайцев нарушить русские границы в местах отдаленных и нелюдимых. Хлеб и железо, корабли и тракты, почтовая гоньба и картографическое дело — всего коснулась его заботливая рука. Когда же в Тобольск приехал астроном, французский аббат Шал д'0торош, Федор Иванович стал для ученого одним из первых помощников. Вместе с семьей, сидя у телескопа, старик губернатор со всем жаром юности проводил научные вычисления… Поразительна жажда знаний в этом человеке, который в лаптях и с котомкой пришел когда-то на флот из Серпухова, теперь ему под 80 лет, а душа и разум не угасли после всего пережитого. В науке Федор Иванович был не дилетант, а вдумчивый и строгий наблюдатель. Из далекого Тобольска он посылает в Академию свои научные сочинения. Одно иэ них — «Астрономический Копеист» — Академия даже не решилась предать гласности. Соймонов в этом трактате сделался научным конфидентом Ломоносова, ступив на антиклерикальную точку зрения в астрономии, он защищал учение Коперника перед церковью.
Наконец годы взяли свое — Федор Иванович устал: с 1708 по 1763 год непрестанно проводил свою жизнь в трудах. Екатерина II отпустила его из Сибири; однако, разгадав в адмирале большой ум и многие познания, она назначила адмирала своим главным консультантом по сибирским делам. Дом же Соймонова сделался как бы сибирским землячеством, куда съезжались сибиряки, где проходило обсуждение нужд сибирских. По возвращении в Москву он был назначен в сенаторы. В эти годы он много читает, много пишет и немало издает своих сочинений. Его интересы прежние: флот, наука, гидрография, открытия земель неведомых на востоке России, облегчение тягостей и быта сибирских инородцев. Весною 1766 года он попросил отставку и получил ее с чином действительного тайного советника.
Уважая его особые заслуги, Екатерина велела до дня смерти выдавать ему полное жалованье!
Федор Иванович вернулся на родину — в тихий и уютный Серпухов; желтела за городом рожь, синел вдалеке лес. Шли бабы с лукошками грибов и ягод. Тишина, тишина, тишина… Он передвигался уже с костылем. «От великого лому, — писал детям, — правый глаз совсем закрыло, которым уже ничего не вижу, а левый от лому освободился, только зрение много неясное имею, а паче, что ни на минуту от боли на свет глядеть не могу. Казалось, уже конец!»
Но это только казалось… Именно в эти годы Федор Иванович активно продолжает работу над историей России. Он изучает былое времен Петра I, авантюрные походы Карла XII; одним глазом, закрыв ладонью другой, старик читает труды Дидро, Руссо и Вольтера. Мало того, Соймонов пишет стихи. Наконец, он еще и рисует иллюстрации к своим сочинениям… Да, крепок был этот добротный человечище! Будто и не стоял на эшафоте, считая удары кнута, когда мясо отлетало со спины кусками; будто и не он, обвешан цепями, таскал в Охотске тяжелую тачку с солью… 11 июля 1780 года вечный труженик, свидетель почти всех событий XVIII века, Федор Иванович Соймонов опочил последним сном. Юная красавица правнучка расчесала ему белые, как соль, волосы. За гробом маститого сенатора шли его сыновья, внуки, правнуки и праправнуки, ставшие архитекторами, горными инженерами, гидрографами, писателями и поэтами. Адмирал не дожил всего лишь двух лет, чтобы отметить свое столетие! Его погребли в Серпухове за оградой старинного Высоцкого монастыря…