Но приговор Сиксту выносится им самим. В исповеди Робера Грелу он получил «неоспоримое, очевидное, как сама жизнь, доказательство, что труд его отравил человеческую душу, что он заключает в себе тлетворное начало, которое продолжает распространяться по всему свету!» Роман заканчивается победой графа Андре и поражением Сикста. У изголовья мертвого ученика учитель признает бессилие своей мысли. Атеист и рационалист, Сикст становится в тупик перед «непознаваемой тайной судьбы»: слова молитвы невольно приходят ему на ум.
За осуждением Сикста стоит стремление развенчать научную мысль, возложить ответственность за совершенное преступление на материализм. Этот замысел Бурже был заранее обречен на провал. Дело вовсе не в том, что Робер Грелу отнюдь не материалист, а субъективный идеалист: ссылаясь на книги Сикста, он утверждает, что существует только наша личность, лишь «я» реально, а природа, люди служат не более чем поводом для ощущений. В учении Сикста, наряду с идеалистическими суждениями, имеются и вульгарно материалистические положения, однако он не считает себя материалистом. Бурже делает попытку выдать позитивизм, философию идеалистическую, за материализм. Но объективно он показал кризис буржуазной науки, кризис позитивизма, который открывал дорогу поповщине.
В романе нашли правдивое отражение некоторые черты реакционной буржуазной мысли конца XIX века. Именно ей, а отнюдь не философскому материализму свойственна оторванность от жизни, схоластические умозаключения, разъедающий скептицизм, безразличие к человеку. Не материализм, а буржуазная действительность порождает таких бесчеловечных мыслителей, как Адриен Сикст, таких моральных уродов, как Робер Грелу. «Ученик» — наиболее значительное художественное произведение Бурже, где мастерски применяется разработанный им ранее метод психологического анализа. В «Ученике» романисту уда лось в значительной мере преодолеть механистический подход к миру человеческих чувств, правдиво показать переживания героев.
«Ученик» принес Бурже шумный успех. Книга вызвала многочисленные отклики, привела к ожесточенной полемике. Отвечая Брюнетьеру, использовавшему роман Бурже для злобных нападок на науку, Анатоль Франс высоко поднял значение свободной человеческой мысли. «Ученик» привлек внимание Чехова. «Умно, интересно, местами остроумно, отчасти фантастично… — писал Чехов Суворину. — Если говорить о его недостатках, то главный из них — это претенциозный поход против материалистического направления. Подобных походов я, простите, не понимаю. Они никогда ничем не оканчиваются и вносят в область мысли только ненужную путаницу. Против кого поход и зачем? Где враг и в чем его опасная сторона? Прежде всего, материалистическое направление — не школа и не направление в узком газетном смысле; оно не есть нечто случайное, приходящее; оно необходимо и неизбежно и не во власти человека. Все, что живет на земле, материалистично по необходимости».