Он успешно поступил в Реймский медицинский институт, а потом продолжил образование в Париже, в университете. В 1768 году этот юноша из провинциального городка Сэнт завершил свою учебу с отличием.
Жозеф Игнас Гильотен начал сам читать студентам лекции по анатомии и физиологии человека. Современники говорят, что аудитории на его занятиях буквально не могли вместить всех желающих: Гильотен был лектором не только глубоко знающим свой предмет, но и относящимся к нему с какой-то непонятной восторженностью и даже страстью. Кроме того, он был привлекателен и невероятно красноречив. Кажется, образование произвело в нем решительные перемены, и теперь человек, желавший отдать жизнь служению Богу, так же активно, с позиций передовой науки отрицал его существование.
Гильотен стал убежденным материалистом. По сути, он явился своего рода революционером в науке. В то время люди еще доверяли Парацельсу и подобным ему величайшим врачам – Агриппе Нестенгеймскому и ван Гельмонтам, отцу и сыну. Эти научные авторитеты утверждали, что окружающий человека мир – это единый живой организм. Так, Парацельс писал: «Натура, космос и все его данности – это единое великое целое, организм, где все вещи согласуются между собой, где нет ничего мертвого. Жизнь – это не только движение, живут не только люди и звери, но и любые материальные вещи. Нет смерти в природе – угасание какой-либо данности есть погружение в другую матку, растворение первого рождения и становление новой натуры».
Именно так утверждали и остальные философы и ученые-идеалисты. Теперь же подобная позиция уходила в прошлое, уступая место стремительно рвущимся вперед идеям нового века – эпохи Просвещения. Их глашатаями стали духовные учителя Гильотена – Вольтер, Дидро, Руссо, а также Гольбах и Ламетри. Идеи этих людей, которыми молодой доктор так восхищался, он перенес на медицинскую кафедру. Он твердил постоянно два слова, которые превратились для него и для его слушателей в подобие некоего магического заклинания: «опыт» и «эксперимент». Гильотен высказывал безумные, уже с точки зрения нынешнего столетия, утверждения: человек всего лишь механизм, просто машина, только биологическая, но ведь это не имеет значения – в живом существе исправно работают все те же винтики и гайки, расположенные в строго установленном порядке. Задача врача, по мнению Гильотена, состояла в том, чтобы научиться правильно вправлять выпавшие из своего гнезда гайки или болтики, и тогда проблема болезней будет решена.
Впрочем, в этом утверждении Гильотен повторял только одного из своих учителей – Ламетри, издавшего труд под красноречивым названием «Человек-машина», где популярно было объяснено, что такое человек на самом деле – просто исключительно удачно организованная материя, и больше ничего. К чему рассуждать о существовании какой-то там души, бестелесной и вечной субстанции, если ни один человек в мире ее не видел своими глазами и не мог потрогать руками? Покажите эту самую душу у мертвого тела. Ничего подобного не существует, и кто продолжает настаивать на бессмертии души, тот просто неисправимый дурак. Когда человек умирает, утверждал Ламетри, прекращается работа мысли и исчезает всякое понятие, в котором концентрировалось бы это нелепое слово – «душа».