Ряд своих сочинений юный Лосев писал по собственной инициативе, а не по заданию Ф. К. Фролова, причем эти сочинения касались философско-религиозных проблем. Уже в то время знание и вера неизменно связывались Алексеем воедино по завету апостола Павла, слова которого «верою разумеваем» (в русском переводе «верою познаем») (Послание к евреям. 11,3) любил повторять Лосев. Так, к 1909 году (то есть к 5-му классу гимназии) относится сочинение «Атеизм, его происхождение и влияние на науку и жизнь» (написано за два дня, 16–17 июня),[26] в котором он обличал атеистов на основе современных научных исследований.
Таким же философско-религиозным сочинением является его «Высший синтез как счастье и ведение», которое написано в 1911 году накануне отъезда в Москву, когда он поступал в Московский Императорский университет. Пишет Алексей 16 и 24 августа. Он спешит, торопится, слова часто неразборчивы, много вставок, сокращений. Хочется изложить в первую очередь основные мысли, наметить дальнейшую структуру работы, задуманной как обширное сочинение, не завершенное после начала университетских занятий. Автор собирался рассмотреть религию, философию, науку, искусство, нравственность – все пять компонентов в десяти главах. Всего в работе должно было быть 15 глав, причем в 14-й объединяются в высшем синтезе установленные пять главных компонентов, а в главе 15-й речь идет о применении высшего синтеза к современной науке. Весь развернутый план работы, включая завершающие 14-ю и 15-ю главы, написан в один день – 16 августа 1911 года. Глава «Религия и наука» – 24 августа. Сохранились материалы к работе, множество заметок с указанием книг, журнальных статей, выписки из них, которые указывают на удивительно широкий диапазон в ряде философско-богословских проблем у юного Лосева. Это юношеское сочинение явилось тем зерном, из которого в дальнейшем выросло древо философско-религиозной мысли зрелого Лосева.
И вот наконец выпускные экзамены. А. Ф. вспоминал особенно значительный первый экзамен – русский язык, сочинение. В те времена строгость была необычайная. Даже директор до последнего момента не знал темы сочинений, присылаемые от попечителя Харьковского учебного округа в запечатанном сургучом конверте, вскрываемом в присутствии комиссии экзаменаторов и экзаменующихся. Собирались в актовом зале, 21 человек, по одному за отдельными столами. Время с девяти утра до трех часов дня. Тема обрадовала Алексея: «„Авторы помогают своим согражданам лучше мыслить и говорить“. Н. Карамзин». Тема близка юноше, который уже писал сочинения, связанные с ролью просвещения и наук, с их влиянием на общество. Сочинение признали образцовым, подходили, поздравляли молодого человека, пожимали руки, вспоминали и в дальнейшем успех будущего студента. Очень хотелось Алексею получить свою работу, но не тут-то было. Оказывается, выпускные сочинения отправляли в округ, попечителю, для проверки не столько учеников, сколько учителей и справедливости их оценок.