На возводимые обвинения Невельской отвечал, что он ручается головой за каждое свое слово, за точность и правильность всех наблюдений, что разжаловать его никогда не будет поздно и в распоряжении правительства имеется достаточно средств для проверки его сведений. И если бы предположения Нессельроде даже в малой степени оправдалась, он готов понести любую кару. Благодаря поддержке присутствовавших на заседании Н. Н. Муравьёва и Л. А. Перовского и смелым, решительным объяснениям самого Геннадия Ивановича, Особый комитет, в конце концов, ограничился лишением следовавшей Невельскому по закону награды и, вынес решение, утвержденное 3 февраля 1850 года Николаем I: "основать где-нибудь на юго-западном побережье Охотского моря зимовье для расторжки с гиляками", но "ни под каким видом не касаться лимана и реки Амура". Одновременно было решено для охраны этого зимовья выделить из имевшихся в Охотске людей 25 казаков и матросов. Наблюдение за указанными мероприятиями Комитет возложил на Н. Н. Муравьёва, а исполнение их на месте поручалось произведенному в капитаны 1-го ранга Г. И. Невельскому, прикомандированному для этой цели в распоряжение Н. Н. Муравьёва. Таковы были официальные решения Особого комитета.
Однако сразу же по прибытии в залив Счастья и основания там требуемого инструкцией зимовья Невельской приходит к заключению, что здесь никогда нельзя будет создать надежный порт, и принимает решение отправиться в устье Амура. На небольшой морской шлюпке, в сопровождении двух проводников и шести матросов Невельской поднимается на 100 км вверх по Амуру и устанавливает здесь отсутствие признаков китайского влияния, это побуждает его действовать. Спустившись вниз до мыса Куегда, Невельской 1 (13) августа 1850 года, на свой страх и риск, поднимает над Приамурьем русский флаг, основывает Николаевский пост и объявляет собравшимся гилякам и приехавшим к ним для торговли маньчжурам, что отныне Россия считает весь этот край с островом Сахалином "своей принадлежностью".
Нессельроде, возмущенный самовольными действиями Невельского, решил разжаловать Геннадия Ивановича в матросы. Об этом состоялось постановление Особого комитета, и соответствующий указ был прислан на подпись Николаю I, который, по ходатайству Н. Н. Муравьёва, разорвал в присутствии вызванного им Невельского приказ о разжаловании, вернул ему чин капитана 1-го ранга и вдел в петлицу Владимирский крест, сказав при этом: "где раз поднят русский флаг, он уже спускаться не должен". Решение было таким образом принято и как раз такое, которого все время добивался Невельской.