Михаил Андреевич служил профессором и секретарем на юридическом факультете, который помогал организовывать. В 1907–1910 годах на этом факультете учился Валерьян Куйбышев и вел революционную работу вместе с Кировым. Томск с 1880 года был местом ссылки, и политические ссыльные в 1901 году создали там Сибирский союз РСДРП.
За три года работы в Томском университете M. А. Рейснер издал ряд трудов об отношении государства и Церкви, о праве свободного вероисповедания, в которых разоблачал полицейский характер российского церковного законодательства. На опыте протестантизма Рейснер доказывал, что всякая религия является в зародыше организацией жесточайшего деспотизма: пока она гонима, религия взывает к свободе, а когда у власти, то укрепляет веру «государственными» средствами – штрафами, тюрьмой. Мечтой молодого профессора было создание «Новой Философии Самодержавного Государства», философии просвещенного абсолютизма.
Летом 1899 года Михаил Андреевич уехал в командировку один и опять в Гейдельберг. Семья осталась в Томске, а точнее – в деревне Аксеновке. Сохранилось письмо на имя ректора Томского университета от Екатерины Александровны Рейснер, где она сообщала о появлении дифтерии среди деревенских детей и просила врачебную помощь. Этим годом помечена фотография Ларисы в клетчатом платье, она держит за руку сидящего младенца Игоря.
Новый век начинался для Рейснеров печально: 5 марта скончался отец Михаила Андреевича Андрей Егорович в возрасте 60 лет. Похоронили его в Риге. За полгода до смерти он был пожалован орденом Святого Владимира за 35-летнюю безупречную службу. В этом году летней командировки у Михаила Андреевича не было. Екатерина Александровна продолжала вести большую общественную работу, в частности, как секретарь Комиссии народных чтений.
Европейские страны в основном вели отсчет нового века с двух нулей в числе (в отличие от других, кто начинал его с 1901-го). В Петербурге новое столетие встретили 1 января 1900 года два издания: «Новое время» Суворина и газета «Свет». В последней писали:
«Первый день XX века. С крепкой верой, с сильным духом, с мощью мысли и энергией вступает сегодня Россия в новый год и вместе с тем в новое столетие.
Вера и энергия русского народа необъятны и то, что принесет нам новый год и новое столетие, есть награда Божия за добродетель и труд народный, которыми и обусловится наше будущее благоденствие… Если смотреть вдаль, то мы имеем перед собой необъятные перспективы. В далеком будущем мы видим борьбу племен за первенство… Но на первом плане виднеется нечто уже ярко очерченное, нечто вкладывающееся в определенную программу, которую ближайшему времени предстоит осуществить.