В марте 1903 года Михаилу Андреевичу пришлось ехать в Петербург и объясняться в Министерстве народного просвещения, куда шли докладные записки от ректора университета и томского губернатора. В Министерстве внутренних дел сохранилась объяснительная записка Рейснера: «Неужели же политика до такой степени поглотила все области научной мысли, что нет уже в громадном организме России места скромному ученому, который только стремится к истине и к правде и не желает принимать места в активной политической борьбе, так как чувствует себя к ней совершенно неспособным?» После длительного объяснения с директором Департамента государственной полиции Рейснер был корректно уволен с должности.
Спустя несколько месяцев на годовом собрании студентов Томского университета председатель сказал во вступительном слове, что в прошлом году на этот праздник был приглашен профессор Рейснер. «Он один из профессорской среды разделял наши взгляды. Ему не чужды были идеи свободы. Более того, он боролся за них. Он явился жертвой политического гнета. Я предлагаю послать ему приветственную телеграмму».
В 1914 году «красный профессор» посетил Томск с чтением публичных лекций. Из его письма к Леониду Андрееву: «Из Сибири я привез удивительные впечатления. И от людей и от природы. Яркая сибирская зима с голубым небом и солнечным светом. Сладкий морозный воздух, прозрачная зелень быстрой Ангары, черная пропасть Байкала, маньчжурские лазоревые ночи, скалы и реки Забайкалья – ах, право, всего не перечислишь… А какие типы! Опустившийся и обовшивевший аристократ. Китаец с торсом Аполлона, маленькими ручками и ножками маркиза и детским цинизмом на лице. Живописные монголы, зашитые в бараньи шкуры, буряты с красными кистями на коленках, сибирские чалдоны с парой преступлений на совести, американцы-золотопромышленники – какая красочная, сильная и вольная жизнь. Боже мой, мы увлекаемся Джеком Лондоном. А на Руси не найдется писателя, который не поленился бы посмотреть на этот золотой край. Воистину новая и великая Русь! И еще одно. Это единственный край, где живет история. Начиная с московского раскольника-бунтаря XVII века и кончая каторжанином-садистом – все это там наверху, наружу, не закрыто никакой плесенью, никакой гнилью. И как там помнят 1905 год! В каждом городе Вас поведут по всем святыням, покажут места расстрела друзей и детей, поезда смерти Ренненкампфа и Меллера, воскресят их милые героические тени. Вот где конец вольного и смелого человека, тесная связь с титанической природой. Музей русской личности, святой и преступной, но всегда вольной. И признаться, ездил по Сибири, читал о Вас, думал о Вас – вот где Леонид Андреев мог бы найти тех, кого он любит и о ком тоскует, вот где его герои были бы своими, настоящими…»