Можно только предполагать, какие действия Набонида в реальности вызвали у жрецов такую яростную реакцию. Как бы то ни было, факт остается фактом: одной из главных причин падения Вавилона стало предательство жрецов Эсагилы, которые попросту передали страну и столицу персидскому царю в расчете на увеличение своих доходов.
Аристотель писал о том, что Вавилон был так велик, что «… уже три дня прошло, как Вавилон был взят, а часть жителей города ничего еще об этом не знала». Кир занял столицу, не встретив сопротивления, и обошелся с Набонидом с характерной для него мягкостью по отношению к побежденным царям. Кир стал и первым завоевателем, оставившим Вавилон неразрушенным. Его поразило великолепие города, и он не только запретил что-либо разрушать, но приказал соорудить на своей могиле памятник в виде миниатюрной Вавилонской башни. Завет Кира нарушил его преемник Ксеркс, который оставил от знаменитой Вавилонской башни — Этеменанки — одни развалины. Эти руины видел Александр Македонский. Потрясенный их величием, он приказал расчистить развалины башни от щебня и обломков, и все его войско на протяжении двух месяцев убирало этот мусор.
На рубеже новой эры, при парфянском владычестве, началось запустение Вавилона. В эпоху Сасанидов (226–636 гг. н. э.) город сократился до размеров незначительного поселка, а в Средние века на его месте ютились лишь убогие арабские хижины. Местное население смотрело на развалины Вавилона как на каменоломни и брало там кирпич для своих нужд. Многие существующие сегодня в окрестностях бывшего Вавилона поселения целиком выстроены из кирпичей эпохи Навуходоносора (на них отштамповано его клеймо). А там, где некогда стоял огромный город, протянулась бесконечная череда песчаных холмов. Сбылось пророчество Библии: «И Вавилон, краса царств, гордость Халдеев, будет ниспровержен… Не заселится никогда, и в роды родов не будет жителей в нем; не раскинет Аравитянин шатра своего, и пастухи со стадами не будут отдыхать там. Но будут обитать в нем звери пустыни, и дома наполнятся филинами; и страусы поселятся, и косматые будут скакать там. Шакалы будут выть в чертогах их, и гиены — в увеселительных домах…»
Развалины Вавилона привлекали внимание археологов еще с середины XIX столетия. Здесь побывали О. Г. Лэйярд, Ж. Опперт, Ф. Френель, О. Рассам, Дж. Смит и другие ученые. Но только в 1899 году начались систематические раскопки города, продолжавшиеся на протяжении восемнадцати лет. Их вела археологическая экспедиция Германского восточного общества под руководством Роберта Кольдевея.