Близ первой пещеры в течение нескольких последующих лет было обнаружено еще 11 гротов, из которых было извлечено около 15 тыс. фрагментов ветхозаветных текстов и несколько сот рукописей светского содержания.
Конечно, всех интересовал вопрос: что за люди оставили в пещерах эти загадочные свитки? Кому могло прийти в голову жить в этой мертвой пустыне, среди голых, лишенных всякой растительности скал? Неужели в древности здесь были какие-то поселения? В начале 1950-х годов археологическая экспедиция во главе с Р де Во, директором Библейской школы ордена доминиканцев в Иерусалиме, и Д. Л. Хардингом, директором Иорданского департамента древностей, приступила к исследованию расположенного поблизости от загадочных гротов холма Хирбет-Кумран — по-арабски «холм щебня». С конца 1951 года археологи вели здесь планомерные раскопки, продолжавшиеся шесть сезонов. Со всей тщательностью здесь были раскопаны остатки целого комплекса помещений, датируемого, судя по многочисленным находкам сирийских, иудейских и римских монет, 125 годом до н. э. — 75 годом н. э. (близкую дату — от 167 года до н. э. до 233 года н. э. — дал и радиокарбонный анализ свитков). Из 153 найденных при раскопках монет 72 принадлежали ко времени, предшествовавшему правлению царя Ирода Великого (35-4 гг. до н. э.), одна — к эпохе его правления и 80 — к 70-летнему отрезку времени после его правления. Такое распределение монет указывает на то, что поселение на холме Хирбет-Кумран было покинуто в начале царствования Ирода Великого и вновь заселено после него. Из письменных источников известно, что на 7-м году царствования Ирода в Палестине произошло сильное землетрясение. Скорее всего оно и стало причиной прекращения жизни на поселении. Среди руин Хирбет-Кумрана археологи обнаружили большую трещину в земле, протянувшуюся на 15 м и повредившую часть построек, — вероятно это и есть след той давней катастрофы. При этом земля осела почти на полметра и следы этого обвала хорошо заметны и сегодня. Нетрудно также заметить, что в дальнейшем стены были исправлены и восстановлены. Многие другие следы — обрушившиеся, местами почерневшие от пожара постройки, «трехкрылые» римские наконечники стрел — свидетельствуют о том, что около 67–70 гг., во время первого иудейского восстания против Рима, поселение на холме Хирбет-Кумран было взято и разрушено римскими воинами. Вероятно, именно в это смутное время жители Кумрана спрятали священные тексты в пещере, заботливо укутав их в полотняную ткань и поместив в глиняные сосуды. Вероятно, они рассчитывали когда-нибудь вернуться за ними, но никому из них это не удалось — они были убиты, захвачены в плен или рассеяны римлянами.