Сначала архитектор фараона выстроил большую мастабу, сходную с аналогичной гробницей, воздвигнутой для Джосера в Бет-Халлафе, в Верхнем Египте. Но если та мастаба была сооружена из необожженного кирпича, то мастабу в Саккара сделали уже из каменных блоков. За время правления Джосера ее расширили во все четыре стороны. Затем архитектор еще раз изменил свои планы и сделал гробницу продолговатой. Но, по-видимому, это не удовлетворило его господина или его самого, поэтому он в четвертый раз расширил постройку, а затем сделал нечто такое, чего не делал еще ни один строитель гробниц: на верхней площадке Имхотеп построил еще три мастабы, каждая из которых была меньше предыдущей. Так родилась первая ступенчатая пирамида, мать всех египетских пирамид.
Восхищенный фараон Джосер решил сделать свою гробницу еще больше. Он приказал расширить ее основание до размеров 124x117 м. На вершине ее соорудили шесть уменьшающихся ступенями террас и облицевали известняком, доставленным с холмов Туры, с противоположного берега Нила. В таком виде, если не считать известняковых плит, украденных позднее, пирамида Джосера сохранилась до наших дней.
Особенностью ступенчатой пирамиды Джосера является ее внутренняя конструкция. Пирамида состоит из независимых слоев каменной кладки, опирающихся на центральную щебенчатую основу. Точно так же, по существу, построены и все «настоящие» пирамиды — Хуфу, Хефрена и прочих фараонов, царствовавших позднее. Однако между расположением рядов или слоев кладки ступенчатой пирамиды и более поздних пирамид есть одна существенная разница. В ступенчатой пирамиде каменные блоки наклонены внутрь под углом в 74° — это сделано для большей прочности. В более же поздних, «настоящих» пирамидах с прямыми, а не ступенчатыми гранями, слои кладки расположены горизонтально.
Почему для первой пирамиды была избрана именно пирамидальная форма? И было ли превращение мастабы в ступенчатую пирамиду случайным? По этому поводу высказывалось немало соображений. Так, например, американский археолог профессор Д. Брэстед писал: «Пирамидальная форма гробниц фараонов имеет глубоко священное значение. Фараона погребали под символом солнечного бога, который хранился среди святая святых храма Солнца в Гелиополе… Когда увеличенная до гигантских размеров пирамида вздымалась над усыпальницей фараона, возвышаясь над его городом и над долиной на много миль вокруг, она становилась самой высокой вершиной, первой встречавшей солнце во всей стране. Утренние лучи озаряли сверяющую верхушку пирамиды задолго до того, как солнечный свет рассеивал сумрак у ее подножия, в котором еще пребывали простые смертные».