Усыпальница фараона располагалась не в самой пирамиде, а была высечена под ее фундаментом в скальном грунте. К ней вела квадратная шахта глубиной в 27,5 м. На дне ее была построена усыпальница из гранитных плит, доставленных из Асуана. В потолке усыпальницы строители оставили отверстие, чтобы через него можно было внести мумию. Позднее это отверстие закрыли массивной гранитной плитой весом в три с половиной тонны.
Вход в шахту брал начало далеко за пределами пирамиды, из узкой траншей, расположенной к северу от нее. Он вел глубоко вниз под пирамиду и обрывался в колодце. Впоследствии этот ход, а также сам колодец засыпали щебнем.
Как установили археологи, центральный колодец являлся главной осью целого лабиринта подземных галерей, ответвляющихся от него на запад, юг и восток. Стены некоторых галерей покрывали синие изразцы, имитирующие тростниковые циновки. Все эти галереи с их неожиданными поворотами и тупиками напоминают огромную, высеченную в скале кроличью нору. Они ведут к многочисленным кладовым, где были обнаружены десятки тысяч каменных ваз и кувшинов превосходной работы, выточенных из порфировых глыб и из алебастра. Около семи тысяч из них удалось заново склеить. На некоторых сосудах начертаны имена фараона Джосера или его предшественников.
Вдоль восточной стороны первоначальной мастабы строители проложили несколько шахт глубиной более тридцати метров. Каждая из них заканчивается длинной горизонтальной галереей, идущей с востока на запад. Они предназначались для усыпальниц жены и других родственников фараона. В некоторых галереях английские археологи Фёрс и Квибелл обнаружили уцелевшие алебастровые саркофаги, однако все они были разграблены в позднейшие времена. Лишь в одном из саркофагов оказались куски разбитого деревянного позолоченного гроба с остатками мумии ребенка лет восьми.
Через две тысячи лет, после того как была построена пирамида Джосера, столицей фараонов стал город Саис в дельте Нила. Это был период своеобразного ренессанса: давно разграбленные и преданные забвению памятники Древнего царства снова пробудили к себе живой интерес. Некоторые из них были раскопаны и реставрированы. Именно в тот период ступенчатая пирамида Джосера привлекла внимание саисских правителей. Не сумев или не захотев воспользоваться древним северным входом, они соорудили новую галерею, ведущую под пирамиду с юга. В ходе работ им удалось обнаружить центральный колодец, который был очищен от щебня до самой крыши усыпальницы. Впрочем, к тому времени усыпальница уже была ограблена. Упоминавшийся британский археолог Фёрс обнаружил здесь только кость человеческой ноги — это все, что осталось от фараона Джосера.