Только так называемый Мазуринский летописец связывает эти факты, но тоже отмечает, что это слухи («о нём же глаголаху»), а смерть царевича, как следует из текста, наступила через болезнь. Кстати, Иван Грозный после смерти сына несколько дней в отчаянии просидел у гроба царевича.
По поводу болезни можно сказать определённо: это было отравление сулемой (хлоридом ртути HgCl2). В 1963 году в Архангельском соборе Московского Кремля были вскрыты четыре гробницы: Ивана Грозного, царевича Ивана Ивановича, царя Феодора Ивановича и полководца Скопина-Шуйского. Учёные обнаружили, что содержание мышьяка примерно одинаково во всех четырёх скелетах и не превышает нормы. Но в костях царя Ивана Грозного и его сына обнаружено наличие ртути, намного превышающее допустимую норму.
В. Манягин пишет:
«Данные этих исследований позволили утверждать, что царевич Иван Иванович был отравлен (см. „Итоги“, № 37 (327), от 17 сентября 2002 г., стр. 38–39). Содержание яда в его останках в 32 раза превышает предельно допустимую норму. Таким образом, современная историческая наука косвенно опровергает версию об убийстве царём Иоанном Васильевичем своего сына».
Сомнительна также и смерть по вине царя преподобномученика Корнилия. Первоисточник сведений о его кончине — летопись, составленная иеродиаконом Питиримом в XVII веке, то есть несколько десятилетий спустя. Вот запись:
«…во времена же бывших потом на земли России мятежей много злая пострада и, наконец, от тленного сего жития земным царём предпослан к Небесному Царю в вечное жилище, в лето 1570 февраля в 20-й день на 69 году от рождения своего».
Эта фраза никак не может служить доказательством того, что преподобномученик принял смерть от руки Царя.
Ещё один источник — церковная служба преподобномученику. Первая служба была составлена в 1690 году, через 120 лет после кончины святого. А современная служба, в которой сказано: «к безумию склонися Царь грозный и смерти ты предаде; тем же и освятися твоею кровию обитель Псково-Печерская», — вообще написана в XX веке, и совершается с 1954 года. Участие царя в грустной судьбе преподобномученика ни из чего не следует.
Спорна даже датировка смерти святого. Архимандрит Алипий (Воронов) указывает на то, что «в отношении даты кончины преподобного Корнилия мнения историков расходятся». Академик С. Б. Веселовский согласен с датой 20 февраля 1570 года. Митрополит Евгений датирует кончину игумена Корнилия 1577 годом. Н. М. Карамзин пишет: «Иоанн отсёк голову Корнилию … в 1577 году», хотя в другом месте склоняется к 1570 году. Исследователь Н. Серебрянский усомнился даже в месте совершения события: «Следует думать, что мученическая кончина преподобного Корнилия, согласно преданию, произошла не в монастыре, а во Пскове, только не в 1577 году». Курбский относит это событие к 1575 году.