Царь Алексей Михайлович умер 20 января 1676 года.
Есть свидетельства, что среди многочисленных его детей был также сын Михаил, названный в честь деда. Не приняв церковной реформы, он ушёл в бега, спрятался среди сторонников исконной веры, сначала в Соловецком монастыре, а затем отшельничал в керженских лесах близ озера Светлояр (здесь излагается версия Василия Комлева). Именно об этом беглеце пишет протопоп Аввакум, обращаясь к царю:
«Сын твой после тебя распустит же о Христе всех страждущих и верных по старым книгам в господа нашего Исуса Христа. На 6(-м) соборе бысть же сие, — Константин Брадатый проклявше мучителя, отца своего еретика, и всем верным и страждущим во Христе живот даровал. Тако глаголет дух святый мною грешным, рабом своим: и здесь тоже будет после тебя!..» (см. «Житие протопопа Аввакума им самим написанное и другие его сочинения», Горький, 1988, стр. 84).
Этот-то Михаил и должен был стать царём после Алексея. Возможно, по этой причине, — считая, что он скрывается в Соловецком монастыре, — летом 1673 года стрельцы отказались атаковать этот монастырь. Воевода Иевлев запросил у государя отстранения от командования, и назначенные к новому воеводе Мещеринову опытные русские военачальники под разными предлогами тоже отказались от службы. Власть послала вместо них иностранных наёмников (см. Буганов В. И., Богданов А. П., «Бунтари и правдоискатели в русской православной церкви», стр. 343). А известный в те времена дьякон Игнатий Соловецкий утверждает, что рать, осаждавшая обитель, состояла из «немцев и поляков, истинных латынцев».
Одной из противниц реформ была сродница царя — боярыня Морозова, посаженная в тюрьму вместе с сестрой княгиней Урусовой за своё твёрдое нежелание поступиться в вере. До нас дошёл уникальный документ, датированный летом 1672 года — когда, согласно всем историческим данным, у царя в живых были только два сына, одиннадцатилетний Фёдор и шестилетний Иван (и в том же году родился Пётр от новой жены) — разговор патриарха Питирима с царём Алексеем Михайловичем, в котором упоминается и в какой-то степени характеризуется «пропавший» царевич Михаил:
«Советую я тебе, великий государь, боярыню ту Морозову вдовицу — кабы ты изволил опять дом ей отдать и на потребу ей дворов бы сотницу крестьян дал. А княгиню (Урусову) тоже бы князю отдал, так бы дело-то приличнее было. Женское их дело; что они много смыслят! А об них многие знатные особы всего московского государства соболезнуют, и это тебе, царскому величеству, не на корысть живёт, а тебе же в убыток.