Сама форма гайотов указывает на их вулканическое происхождение: это усеченные конусы с крутизной склона около 20–25 градусов, близкой к крутизне склона наземных вулканов. С помощью современной аппаратуры удалось сфотографировать вершину гайота Сильвания, находящегося в районе Маршалловых островов и погруженного на глубину около 1000 метров. На снимке отчетливо видны знаки ряби: значит, когда-то гайот находился в зоне прибоя. Наконец, драги неоднократно поднимали с плоских вершин гайотов — с глубин от 500 до 2500 метров — гальки, окатанные прибоем, окаменевшие остатки кораллов (живущих на мелководье) и другие свидетельства того, что прежде вершины гайотов доходили до поверхности океана.
Вот почему один из крупнейших современных морских геологов Ф. Шеппард полагает — и с ним согласно большинство океанологов, — что первоначально гайоты были молодыми подводными вулканами. Когда их вершины, сложенные сыпучим пеплом и вулканическим шлаком, вышли на поверхность океана, на них обрушились могучие валы и срезали плоские террасы на свежих мягких склонах новорожденных вулканических островов. А вот мнение другого авторитета, Г. У. Менарда: «Гайоты представляют собой, по-видимому, древние острова, которые, опускаясь, не стали атоллами, и поэтому у них сохранились плоские вершины, срезанные абразией. Поскольку с вершин некоторых гайотов поднята рифовая фауна, можно считать доказанным, что когда-то они находились на уровне моря или лишь немного ниже его».
Одни подводные вулканы, поднявшись до поверхности Тихого океана, обросли кораллами и затем начали медленно погружаться — и в ходе этого погружения шло формирование атолла. «Другие, известные в настоящее время как гайоты, также достигали когда-то поверхности океана, но кораллы не избрали их местом своего обитания, волны срезали их вершины и, опустившись на большую глубину, они превратились в усеченные подводные горы», — констатирует Менард. И к его словам можно лишь добавить, что гайоты могли образовываться и несколько иными путями. Их указывают советские геоморфологи О. К. Леонтьев и В. С. Медведев в статье «Эволюция атоллов Тихого океана». Во-первых, полипы могли избрать срезанную вершину новорожденного острова-вулкана местом своего обитания, но погружение шло слишком быстро и внушительного кораллового сооружения построить не удалось (о чем и говорят обломки кораллов, поднятые драгами с вершин гайотов). Во-вторых, «готовый» атолл мог затонуть, его лагуна заполнилась осадками — и так возникла плосковершинная гора. В этом случае мы можем рассматривать гайот как «труп атолла».