Осенью 1906 года Мартин Хайдеггер оставил констанцскую семинарию и поступил в архиепископскую семинарию-интернат Святого Георга во Фрайбурге. Стипендия от мескирхского благотворительного фонда уже не покрывала расходов на его содержание в интернате Констанца. Предприимчивые покровители сына причетника, Конрад Грёбер и Камилло Брандхубер, нашли другой источник финансирования – стипендию Элинера. Она была учреждена в XVI веке Кристофом Элинером, теологом из Мескирха, и предназначалась для оказания помощи молодым людям из этого города, интересующимся теологией. Условием ее предоставления была учеба в семинарии Фрайбурга и затем во Фрайбургском университете.
Перевод из Констанца во Фрайбург расценивался как поощрение. Мартин расстался с Констанцем, не питая к нему никаких неприязненных чувств, и навсегда сохранил о «Доме Конрада» самые теплые воспоминания. В последующие годы он будет приезжать сюда на встречи своих бывших соучеников. К семинарии же во Фрайбурге он никогда не испытывал подобной привязанности. Хайдеггер проведет в этом городе чуть ли не всю свою жизнь, и ему поневоле придется научиться сохранять между собой и своим окружением некоторую дистанцию. Именно здесь произойдет окончательный разрыв Хайдеггера с католицизмом, влияние которого во Фрайбурге особенно ощутимо: кафедральный собор, построенный в стиле зрелой готики, доминирует над городом, отбрасывая густые тени. Подобно мощному кораблю, застыл он у подножия шварцвальдских гор, но кажется, будто вот-вот стронется с места и двинется к выходу из бухты.
Вплоть до Второй мировой войны старый город с его домами, тесно сгрудившимися вокруг собора, сохранялся почти полностью. Многочисленные переулки разбегались, словно лучи звезды, от Соборной площади, и некоторые из них были обрамлены узкими каналами. Интернат для учеников семинарии находился поблизости от резиденции архиепископа.
Когда молодой Мартин Хайдеггер приехал во Фрайбург, город выглядел почти таким же, каким за сто лет до того его увидел – и описал в письме к Гёте – Сюльпис Буассере: «Я мог бы сочинить для тебя о Фрайбурге целую книгу: это лучший из городов, где все старое сохраняется с большой любовью. Он очень красиво расположен, в каждом его переулке имеются кристально чистый ручеек и старинный фонтан… вокруг разбиты виноградники, и все стены, когда-то бывшие военными укреплениями, ныне увиты виноградной лозой».
Во фрайбургской семинарии Мартин учился с усердием. Он был умен, честолюбив, и в то время еще мечтал о церковной карьере: намеревался после окончания учебы вступить в орден иезуитов. Его учителя поддерживали эти планы. Ректор семинарии писал в 1909 году в характеристике на выпускника Хайдеггера: «Его одаренность, прилежание и нравственные качества заслуживают хорошей оценки. Он уже достиг определенной зрелости характера, в учебе также проявил самостоятельность и даже, пожалуй, чересчур много – в ущерб другим предметам – занимался немецкой литературой, обнаруживая большую начитанность. Он уверен в своем выборе теологического поприща, питает склонность к орденской жизни и, вероятно, заявит о своем желании вступить в Общество Иисуса».