В ХV-ХVII веках Московское государство, как и большинство других, еще не сформировало особых централизованных органов, предназначенных специально для ведения разведки и контрразведки. Это приходилось совмещать с выполнением своих официальных функций различным приказам, в первую очередь,Посольскому и Разрядному, главным правительственным учреждениям тогдашней Московии.
Посольский приказ при Иване IV Грозном осуществлял дешифровку донесений иностранных послов и не без успеха вел контрразведывательную борьбу против экономического шпионажа Английской Московской компании (стремившейся достать образцы руд, раскрыть рецепты окраски тканей и кожи и т.д.). Чтобы затруднить деятельность разведок на территории России, Посольский приказ запрещал иностранцам носить русскую одежду и иметь русских слуг. При царском дворе был разоблачен английский агент Бомелин, выдававший себя за крупного специалиста в математике, астрономии и медицине. Любопытно, что ради засылки в Москву и выполнения своих задач этот крупный авантюрист был выпущен англичанами из лондонской тюрьмы Тауэр.
Посольский приказ раскрывал также и факты военно-экономической диверсии. Так, в 1648 г. было перехвачено донесение шведского резидента Поммеринга своему королю: "Как эти(иностранные специалисты) уедут отсюда, тульские и другие русские горные заводы не в состоянии будут вредить горным заводам Вашего королевского величества, ибо я достал Петру Марселису (владельцу тульского завода) плохого кузнечного мастера". Во второй половине ХVII в. шведам удалось подкупить работавшего в приказе подъячего Григория Котошихина,который, однако, вскоре был разоблачен.
При Иване Грозном имелся Тайный приказ, возглавляемый могущественным боярином Василием Ивановичем Колычевым (по прозвищу Умной). По указу царя он объединил свое ведомство с Посольским приказом. После разгрома опричнины они сосредоточили свои усилия не на борьбе с внутренней крамолой, а на том, чтобы предотвратить попытки обострения внутренних противоречий, предпринимаемые иностранными тайными службами.Колычеву не удалось многого осуществить, ему мешали, ибо было видно, что всякий, ощутив силу, тянется к чужому.
В ведение Разрядного приказа постепенно перешло назначение воевод в порубежные города, где они занимались разведывательной и контрразведывательной деятельностью. Стольнику Бутурлину, направленному воеводой в 1630 г. в порубежные с Литвой Великие Луки, Разрядный приказ предписывал: "...которые люди учнут приходить в Луки из украйных и других городов... А ему тех людей ведать, записывать в книги... откуда и хто пришел и к кому имянем и для чево, и знатцы на них в Луках есть ли... и ему тех распрашивать исыскивать про них накрепко...