В 1718 году пожар уничтожил многие надгробия, находившиеся в Великой церкви. Сохранились только величественная гробница князя Острожского да скромное надгробие архимандрита Иннокентия Гизеля — уроженца Пруссии, в 1684 году перешедшего из лютеранства в православие и ставшего благодетелем и покровителем киевских школ. Надгробие его представляет собой железную доску с надписью: «Здесь почивает яснеп-ревелебный господин отец Иннокентий Гизель, трудолюбный и благоразумный…» Уничтожено надгробие, существовавшее над могилой знаменитого киевского митрополита Петра Могилы, покоившегося между столбами за левым клиросом. Но труды и подвиги его как ревнителя веры Христовой, много сделавшего для распространения православия в Киеве, составляют живой памятник этому великому иерарху.
Хотя многие памятники и погибли во время пожара, но сведения о них для потомства не утратились. Афанасий Кальнофойский, монах Киево-Печерской лавры, в своей книге «Тератургим» поместил большую часть надгробных надписей (в польском переводе).
Перед входом в церковь лежат два небольших камня, на одном из которых сделана надпись:
«Славного Донского войска знатный старшина и походный полковник Федор Иванович Флоров, в государственной службе под городом Хотином, на генеральной батарее 1-го августа от неприятеля в главу усечеся; тщанием донских казаков глава его была сыскана в неприятельском разбитом лагере, в шатре командующего Сераскера, и присовокуплена к телу, которое, по его желанию, здесь в Святой лавре погребеся сентября 18-го, 1739 года».
Под другим камнем лежат останки двух страдальцев, тоже обезглавленных, но уже не на поле брани. Здесь покоится прах генерального судьи Василия Кочубея и полковника Ивана Искры, безвинно казненных в 1708 году злой волей украинского гетмана Мазепы… Рядом с ними покоится прах выдающегося государственного деятеля П.А. Столыпина, убитого в Киеве в 1911 году.
У западного преддверия Великой церкви погребена Наталья Борисовна Шереметева, в 15 лет ставшая невестой 20-летнего красавца князя Ивана Александровича Долгорукого — любимца императора Петра II. Разделив все несчастья, выпавшие на долю Долгоруких, Наталья Борисовна после сибирской ссылки скромно поселилась в Москве, целиком посвятив себя воспитанию сыновей.
Когда дети подросли, она перебралась в Киев, где и приняла постриг с именем Нектария во Флоровском монастыре, но несчастья не оставляли ее и за монастырскими стенами. Младший сын ее Дмитрий сошел с ума от юношеской несчастной любви и скончался в 1769году. Мать пережила сына на два года и умерла в 58-летнем возрасте. Около Успенского собора теперь лежат две чугунные могильные плиты, прежде находившиеся внутри собора. Это плиты с могил Натальи Борисовны Долгорукой и ее сына Дмитрия.