Со временем было замечено, что тела в пещерах не истлевают, а мумифицируются, и тогда в середине доски стали прорезать небольшое окошечко, через которое можно было приложиться к мощам. До настоящего времени уцелело всего несколько таких досок — чудотворца Агафона, воина Тита, священномученика Лукиана и других.
Впоследствии останки усопших иноков стали укладывать в специальные гробницы, которые устанавливали вдоль пещерных лабиринтов. Во время притеснений, которые претерпевали православные от поляков-католиков в 1638–1686 годах, мощи многих святых угодников были сокрыты, поэтому места, где они находятся, ныне неизвестны.
Некрополь Ближних пещер расположен вокруг церкви Рождества Пресвятой Богородицы. Здесь нетленно почивают моши 81 печерского угодника, в том числе и мощи девяти затворников. В Ближних пещерах погребен преподобный Прохор, чудотворец из Смоленска, скончавшийся в 1103 году. Современники прозвали его Лебедником — от названия травы-лебеды, которой он сам питался и кормил народ во время голода. Преподобный Прохор прославился и чудесным добыванием соли из золы, и, когда в Киеве стала ощущаться нехватка ее и бедные жители приходили в Печерскую обитель, преподобный Прохор давал им ее даром. Соляные откупщики пожаловались на него великому князю Святополку, но при обыске вместо соли нашли только кучу золы. С тех пор великий князь стал еще больше уважать преподобного и при всяком важном случае приходил к нему за благословением.
Неподалеку от церкви находится рака с мощами святой Иулиании, княгини Ольшанской — дочери набожного князя Георгия Ольшанского, благотворителя лавры. Княгиня Иули-ания скончалась на 16-м году жизни (1550), а святые мощи ее были обретены в начале XVII века под Успенской церковью лавры, когда копали могилу для одной киевской девицы. Тогда же мощи княгини были поставлены в Великой церкви, но после пожара 1718 года уцелевшие останки княгини перенесли в Ближние пещеры, а на их место в 1730 году в Великую церковь перенесли мощи святителя Михаила.
Далее следует могила преподобномучеников Феодора и Василия, связанных союзом любви при жизни и почивающих в одном гробе и после смерти. Оба они были замучены в 1091 году в темнице корыстолюбивым князем Мстиславом — сыном князя Святополока, требовавшим сокровищ, якобы найденных ими в одной из варяжских пещер.
В Ближних пещерах погребены:
Преподобный Поликарп — второй архимандрит Печерский, скончавшийся в 1182 году. Добродетели его так уважались всеми, что великий князь Ростислав-Михаил часто приглашал преподобного к столу, беседовал с ним и нередко говорил о своем желании удалиться от мира в монастырь. На что преподобный Поликарп всегда отвечал: «Князь, небо требует от тебя другой жертвы: делай правду и блюди русскую землю».