Софья (Зоя) Палеолог после гибели Византийской империи воспитывалась при дворе римского папы. В 1469 году римской престол предложил великому князю московскому Ивану III заключить с ней брак, имея при этом в виду далеко идущие планы — окатоличить Русь и привлечь ее к военному союзу против грозной опасности с Востока. Переговоры продолжались долго и только в 1471 году привели к желанному результату. После длительного путешествия через всю Европу Зоя Палеолог 12 ноября 1472 года прибыла в Москву, где в тот же день состоялось ее венчание с великим князем.
Долгая жизнь греческой царевны на новой родине была богата событиями, и одной из главных проблем был возникший в конце 1490-х годов вопрос о престолонаследии, так как у великого князя от первого брака с тверской царевной Марией Борисовной был сын, что не раз приводило к осложнениям отношений между супругами.
Великая княгиня умерла в 1503 году, считается, что в возрасте 60 лет, так как точная дата ее рождения неизвестна.
Софью Палеолог погребли в юго-западном углу Вознесенского храма. Над ее могилой не было надгробного памятника с резной плитой и надписью, так как она со всех сторон была окружена надгробиями соседних захоронений. Саркофаг ее был сделан с полукруглым изголовьем и мягкими плечиками. Как и в большинстве саркофагов данного некрополя, в головной части погребального сооружения Софьи Палеолог сделано специальное возвышение в форме ступеньки высотой 3 сантиметра. Снаружи гроб тщательно отделан, но на поверхностях внутренних стенок и на дне саркофага видны следы работы теслом.
Гробница Софьи Палеолог вскрывалась еще и в 1984 году. И в этот раз исследователи обнаружили только несколько мелких обрывков ее савана: другие остатки погребальных одежд великой княгини не сохранились. На лобной части черепа Софьи Палеолог была найдена также только часть волосника (сетчатой шапочки, в которую укладывались волосы), который по своей конструкции несколько отличался от традиционных головных уборов того времени.
Великие княгини, царицы и царевны погребались в основном в простой светской одежде, в монашеском облачении — единицы. Из цариц только Мария Долгорукова (первая жена царя Михаила Федоровича Романова) похоронена в парчовом платье. В саркофагах также отсутствовали какие-либо украшения, в том числе и кресты. Лишь у одной из сестер Петра I на пальце было золотое кольцо.
При вскрытии захоронения Марфы Собакиной (третьей жены Ивана Грозного)[28] был обнаружен удивительный биологический феномен. Она лежала в гробу как живая и не была тронута тлением. Специалисты считают, что неизвестное ядовитое вещество, которым отравили новобрачную, со временем забальзамировало ее тело.