Святой Станислав был епископом Кракова во второй половине XI века. Он открыто критиковал короля Болеслава II за жестокость и развратный образ жизни и в конце концов отлучил его от церкви. Тогда король приказал убить епископа, и тот был убит прямо перед высоким алтарем собора. Святой Станислав был погребен в крипте первой церкви, возведенной на Вавельском холме, а в XVII веке его останки в резной серебряной раке перенесли на более почетное место. Голова святого Станислава, по преданию, хранится в сакристии собора в золотом ковчеге.
Первый собор на Вавельском холме просуществовал недолго, и в период 1090–1130 годов его сменила более массивная базилика с двумя нефами и четырьмя башнями. Базилика сильно пострадала во время опустошительного нашествия на Западную Европу монголов, но фрагменты ее сохранились: это фундамент Часовой башни, нижняя часть башни «Серебряные звоны» и крипта святого Леонарда. Крипта построена из огромных, тщательно отесанных каменных блоков, что придает ей особую суровость. Как и положено, эта древняя подземная часовня имеет собственное предание. Согласно ему, каждый год в ночь под Рождество все короли Польши, погребенные в кафедральном соборе, собираются здесь на совет, чтобы обсудить дела вековой давности. В крипте Святого Леонарда покоятся и останки легендарного польского короля Яна III Собесского — талантливого полководца и храброго воина, в 1683 году разгромившего турецкую армию, осадившую Вену.
Интерьер собора тоже производит впечатление величавой суровости, хотя он и моложе крипты на целых два столетия. Вдоль боковых нефов и пристроенных к ним часовен веками собирались шедевры польской скульптуры XIV–XVIII веков — гробницы королей и королев, епископов и крупнейших магнатов. Самая древняя из них — гробница Владислава Локетека, выполненная из серого известняка около 1340 года. Король изображен лежащим на саркофаге в коронационных одеждах и с королевскими регалиями в руках.
При Владиславе Локетеке на Вавельском холме в 1320 году начали возводить третий храм — в готическом стиле, а закончен он был через 40 лет — уже в царствование Казимира Великого, и с тех пор кафедральный собор является украшением старого Кракова. Перед входом в собор, возле кованой двери с монограммой Казимира Великого, на массивных цепях подвешены кости доисторических животных — берцовая кость мамонта, ребро кита и череп мохнатого носорога. По поверью храм будет стоять невредимым до тех пор, пока вход в него охраняют эти кости.
Монументальная гробница Казимира Великого — это уже образец зрелой краковской готики. Королевский саркофаг сделан из песчаника и красного мрамора и украшен тонкой резьбой. Большое портретное сходство изображения короля, тонкое чувство света и пластики материала, высокое мастерство резьбы по камню — все говорит о мастерстве резчика.