В 1403 году во время похода в Иран юный принц Мухаммед-Султан скончался. Тело его доставили в Самарканд и временно поместили в ханаку, и тогда же Тимур повелел начать возведение в южной части ансамбля парадного мавзолея с погребальным склепом. Летом 1404 года сооружение мавзолея Гур-эмир (Могила эмира) было закончено, но неудовлетворенный его высотой Тимур распорядился о перестройке, которая продолжалась две недели. Перенос из ханаки в новый мавзолей тела Мухаммед-Султана задержался, так как в феврале 1405 года во время последнего (неоконченного) поход в Китай в городе Отрар умер и сам Тимур.
Разные авторы по-разному описывают смерть и погребение Тимура. Например, Шериф ад-дин в своем труде «Зафар-намэ» сообщает, что труп Тимура надушили благовониями (розовой водой, мускусом и камфарой), положили в гроб, который поставили на носилки, украшенные драгоценными камнями и жемчугом, и темной ночью отправили в Самарканд. Но по дороге лица, сопровождавшие тело, должны были делать вид, что везут не усопшего повелителя, а одну из его жен или наложниц. Приближенные постарались скрыть от народа смерть повелителя, однако слухи о ней быстро распространились, и всем стало ясно, что в огромной империи Тимура снова начнутся смуты и борьба за власть между царевичами и эмирами.
В Самарканде тело опустили в склеп, причем были выполнены только религиозные обряды. Когда же в город прибыли царицы, то вместе с другими знатными женщинами они выполнили обычные у кочевых народов траурные обряды: обнажили головы, расцарапали и почернили свои лица, рвали на себе волосы, бросались на землю, накрывали шею войлоком… При этом присутствовали бывшие в Самарканде царевичи, вельможи и представители ислама.
Через месяц после смерти Тимура, 18 марта — в день вступления на престол Халиль-Султана, печальные обряды с большей торжественностью были совершены еще раз, и в них принимало участие уже все население города, одетое в траурные одежды. Для упокоения души повелителя читали Коран, народу раздавали милостыню, несколько дней подряд для угощения людей резали лошадей, быков и баранов. В траурной церемонии принимал участие и походный барабан Тимура, который с плачем пронесли по городу, а потом кожу его разрезали, чтобы никому больше он уже не служил.
Спустя некоторое время тело Тимура переложили в стальной фоб, изготовленный искусными мастерами из Шираза. К гробнице были приставлены служители и чтецы Корана, а к медресе — привратники и сторожа. Могила Тимура пользовалась большим уважением и поклонением, и перед ней часто совершались молитвы и давались обеты. Князья, проезжая мимо нее, склоняли голову, а иногда даже сходили с коней. Правда, находившиеся в Самарканде пленники испытывали к усыпальнице совсем другие чувства. Рассказывают, что там, где был похоронен Тимур, по ночам раздавались стоны и вой, которые прекратились только после того, как пленников отпустили на родину.