Королевские покои размещались в Эскориале таким образом, чтобы непосредственно из них король мог пройти в церковь. Когда Филипп II был уже стар и немощен, он все равно имел возможность видеть главный алтарь церкви прямо со своего ложа. А под главным алтарем расположился „Пантеон испанских королей“, в котором упокоился и прах дона Карлоса — мятежного сына короля.
Обвинив сына в отступничестве от веры, Филипп II повелел арестовать его, и вскоре приближенные ко двору лица убедились — король решил никогда не выпускать его из заточения и совершенно устранить от престола. За принцем был установлен строгий надзор, а один из стражников даже ночью дежурил в его комнате. Днем лица, приставленные к принцу, должны были занимать его беседами, но тщательно уклоняться от тем, связанных с его заключением. Им было запрещено выполнять какие-либо поручения за пределами отведенной для дона Калоса комнаты. Все, что происходило во дворце, должно было оставаться для него тайной, если только сам король не сообщит о чем-либо.
Никакое светское сочинение не допускалось в его темницу, и принц мог иметь книги только духовного содержания.
Нездоровый воздух темницы и недостаток движения расстроили здоровье дона Карлоса: он худел с каждым днем, его истощала лихорадка… Чтобы уменьшить невыносимый жар, принц прибегал к средствам, которые не улучшали его положения, а наоборот, вели к медленной, но верной смерти. Так, например, он поливал водой пол своей комнаты, а потом часами, босой и полураздетый, прохаживался по нему. Ночью он по несколько раз приказывал класть в свою постель пузырь со льдом и снегом, а то выпивал большое количество снеговой воды. Иногда в течение нескольких дней принц не принимал никакой пищи, а потом зараз съедал очень много, запивая еду тремя галлонами холодной как лед воды. Никакой организм не мог бы долго выдержать такого насилия над своей природой, и силы дона Карлоса стали быстро таять.
После смерти тело дона Карлоса (по его желанию) облекли в францисканское платье и положили в гроб, обитый черным бархатом и богатой парчой. При виде торжественного погребального шествия жители Мадрида сожалели о принце, которого хотели видеть на престоле. Процессия направилась к собору San Domingo Real, избранному для вечного упокоения дона Карлоса. С великой торжественностью здесь была отслужена заупокойная панихида, а потом в нишу церковной стены опустили останки принца. В1573 году по повелению короля их перенесли в Эскориал.
Фамильный склеп испанских королей долгое время и после смерти Филиппа II оставался незавершенным. Возведению его помешали подземные воды, и только в 1654 году, когда инженеры осушили фундамент под Эскориалом, усыпальница испанских королей была закончена.