В этой церкви был похоронен польский король Станислав-Август Понятовский, умерший в Санкт-Петербурге 1 февраля 1789 года. Обряд погребения через три недели после смерти совершили архиепископ Лаврентий Литта (посланник папской курии) и митрополит Станислав Богуш-Сестренцевич, который положил на могилу короля надгробный камень с надписью. Во время погребальной церемонии войсками, построенными перед церковью, командовал будущий император Павел I.
В церкви великомученицы Екатерины был погребен и французский полководец Моро, умерший в Лауене 2 сентября 1813 года.
В 1831 году, когда в Санкт-Петербурге разразилась эпидемия холеры, было открыто Митрофаньевское православное кладбище на земле, принадлежавшей крестьянам Тентелевой деревни. Свое название оно получило по главному храму, посвященному святому Митрофану Воронежскому, хотя в народе его порой называли холерным Тентелевским кладбищем. Храм был возведен в русско-византийском стиле в 1839–1847 годах по проекту архитектора К.А. Тона и являлся копией военного собора в морской крепости Свеаборг.
Годы революции, Гражданской войны, красный террор, массовая эмиграция и другие причины оказались катастрофическим бедствием для дореволюционных некрополей, в том числе и для санкт-петербургского. До революции все кладбища находились в ведении духовных управлений и по государственному законодательству не могли быть отданы под пашню, а также не разрешалось возводить на них никакие строения. Но в декабре 1918 года специальным декретом Совнаркома за подписью В.И. Ленина кладбища были переданы в ведение местных советов, что вместе с национализацией монастырей нанесло огромный ущерб Русской православной церкви и положило начало уничтожению некрополей. Множество могил остались без родственного ухода, кладбища разорялись мародерами, надгробные памятники осквернялись и уничтожались.
Конечно, случаи небрежного и даже варварского отношения к намогильным памятникам встречались и раньше, но это ни в какое сравнение не шло с той вакханалией, которая началась в стране в 20—30-е годы прошлого века. Городские и районные Советы, а то и просто отделы по благоустройству самостоятельно принимали решения о сносе целых кладбищ и разбивке на их территории городских парков. Каменные надгробия использовались как строительный материал, а металлические ограды шли на переплавку. Размах разорения старых кладбищ был так велик, что наркомпрос РСФСР во главе с А.В. Луначарским рассматривал вопрос о сохранении могил хотя бы выдающихся деятелей науки и культуры. Но все равно в результате такого отношения в Петрограде были полностью уничтожены Фарфоровское и Митрофаньевское кладбища, кладбище Троице-Сергиевой пустыни, находившейся на берегу Финского залива по дороге в Петергоф, и некоторые другие. Один из немногих уцелевших памятников Троице-Сергиевой пустыни — надгробие архитектора A.M. Горностаева, принимавшего участие в создании архитектурного ансамбля кладбища.