Храм посвятили святой Женевьеве, но в 1791 году Конвент решил превратить его в Пантеон для увековечения памяти знаменитых людей той эпохи. Колокольни, из-за которых когда-то разгорались придворные споры, были снесены, крест с храма сняли, заменив его фигурой Славы, на барельефе фронтона над главным входом святую Женевьеву сменила аллегорическая фигура Родины-матери, а под барельефом появилась надпись: «Великим людям благодарное Отечество».
Вход в склепы, разделяющиеся кирпичными перегородками, находится в самой церкви, позади главного алтаря. Своды подземных помещений поддерживаются двадцатью столбами. Первым в 1791 году здесь похоронили Мирабо, и во время его погребения были поставлены и «памятники» Вольтеру и Руссо — деревянные ящики, расписанные серым цветом. На «памятнике» Вольтеру сделана надпись:
Поэт, историк и философ, он расширил человеческий дух и научил его тому, что он должен быть свободен. Он защищал Каласа, Сирвена, де ла Бара и Манбаллъи; боролся с атеистами и фанатиками, внушал терпимость и провозгласил права в противоположность рабству феодализма.
На гробе Ж.-Ж. Руссо была нарисована рука, держащая факел, который находится как бы в могиле. Эта композиция аллегорически намекает на свет, который распространил по миру «женевский гражданин». Надпись гласит: «Здесь покоится человек природы и истины». В 1793 году якобинцы одним из первых своих декретов постановили «вынести из Пантеона прах дворянина Мирабо», и «отец Французской революции», в одночасье ставший классовым врагом, был заменен «доктором Маратом». Однако через два года, когда якобинцев сбросили, тело Марата в свою очередь тоже покинуло Пантеон. Останки Мирабо впоследствии были перенесены на кладбище Пер-Лашез, а тело Марата сбросили в сточную трубу на одной из улиц Монмартра. Гробы Вольтера и Руссо тоже сейчас пусты, так как останки обоих философов после 1815 года были тайно унесены и погребены в неизвестном месте.
После реставрации Бурбонов в 1822 году надпись «Великим людям благодарное Отечество» стерли и храму возвратили его первоначальное религиозное назначение. Все скульптуры на его фронтоне были вновь заменены христианскими статуями, и началось «переселение» праха покойных. Вольтера и Руссо убрали в крипту под перистилем.
После революции 1830 года новый «буржуазный» король Луи-Филипп вновь переименовал церковь в Пантеон, вернул на прежние места прах Вольтера и Руссо, а также (уже в который раз!) сменил барельефы на фронтонах. На сей раз Родина-мать раздавала венки своим детям, а История записывала, кому и за что… Налево, под покровом Свободы, на барельефах изображены лица, отличившиеся на гражданском поприще — Мирабо, Мальзерб, Фенелон, Монж, Манюэль и знаменитый генерал Карно; потом идут изображения химиков Бертоле и Лапласа. Во втором ряду — живописец Давид, Кювье, Лафайет, Руссо и медик Биша. Направо, подле Истории, — солдаты Республики и Империи. Появился среди них и Наполеон, но не император, а просто генерал Бонапарт… Позади его — старый гренадер, опирающийся на ружье, и знаменитый маленький барабанщик из Арколя.