Но так как уже в Средние века Париж был застроен довольно плотно и бесконечно расширять церковные кладбища стало невозможно, то в парижской кладбищенской практике выработался свой способ хранения человеческих останков. Кости усопших вынимали из старых могил и складывали в так называемых nharniers (от латинского слова «carnanum» — кладовая для мяса). Они представляли собой крытые галереи вдоль церковных стен, и в них плотными рядами (на высоту около 2 метров) лежали человеческие кости. Деревянный потолок галереи, покрытый более или менее искусной резьбой, предохранял их от дождя, но доступ воздуха был полный, и под его воздействием смертные останки превращались в прах. На это и намекала традиционная надпись над фронтоном таких nharnier: «Memento, homo, quia pulvis es et in pulverem revertens».
До XVIII века парижане мало заботились о гигиеничности грандиозного склада человеческих костей, покоившихся у всех на виду. Только в 1763 году власти решили вынести nharniers за пределы города, однако против этого выступили приходские священники, не желавшие лишаться источника доходов. Решение властей тогда не было выполнено, но через 15 лет произошел большой обвал земли, осевшей под тяжестью костей, нагроможденных в одной из галерей. Несколько домов рухнуло, вот тогда парижане и призадумались.
Как известно, вся юго-восточная часть Парижа расположена над древними каменоломнями, из которых со времен римского владычества брали строительный материал для сооружения домов и укреплений, возводившихся для защиты столицы от вражеских набегов. Значительную часть этих каменоломен решено было превратить в катакомбы, чтобы захоронить в них останки с упраздненных кладбищ и те, которые находили во время строительных работ. Еще в 1777 году в Париже была создана Генеральная инспекция по каменоломням, которая должна была изучить их расположение и укрепить пустоты. Лишь к 1785 году неторопливый дотоле Государственный совет наконец-то принял решение закрыть кладбища. В результате огромной работы была составлена генеральная схема парижских подземелий. Власти принялись за дело уже энергичнее, и более 20 парижских кладбищ было перенесено в загородные кварталы.
В конце XVIII века по Франции прокатилось несколько эпидемий чумы, болезнь косила людей тысячами, особенно бедняков. И тогда Учредительное собрание, чтобы избежать новых вспышек эпидемии, в 1791 году издало указ, согласно которому все внутренние кладбища Парижа предназначались на снос в течение 10 лет. С этого времени погребать в церковных оградах запрещалось. В апреле 1796 года архиепископ Парижа торжественно освятил каменоломни, и с тех пор они уже официально стали называться катакомбами. Потом более года сюда свозили скорбный груз со всех кладбищ Парижа и опускали его в подземелья через так называемый черный колодец.