После открытия царских гробниц сразу же возник вопрос: представители какой из царствовавших в Иерусалиме династий в них погребены? На этот вопрос есть несколько ответов, но наиболее распространенная к концу XIX века версия, основывавшаяся на свидетельстве Иосифа Флавия, относила принадлежность гробниц царице Елене Адиавенской, супруге царя Монбаза, и ее сыну Иазату. Однако эта фамилия в истории Иерусалима случайна и правила короткое время. К тому же для этого семейства царские гробницы были слишком велики. Кроме них, царскую гробницу в иерусалимском некрополе могла иметь только Гранта — сестра Иазата. А между тем по древним обычаям, устройство гробницы должно было рассчитываться по числу членов семейства. Строить лишнюю усыпальницу для несуществующего члена семьи значило раздражать ангела смерти, у которого каждое место для гробницы записано за определенным лицом. Поэтому усыпальница без имени считалась преступным обнажением земных недр, за которое отвечал народ, пользующийся этой землей. Что же касается других членов этой семьи, то они не имеют отношения к Иерусалиму и погребены, вероятнее всего, в Риме.
Вторая версия отождествляет царские гробницы с усыпальницами царя Ирода, о чем тоже упоминает Иосиф Флавий. Однако известно, что Ирод был погребен сыном своим и преемником Архелаем недалеко от Вифлеема — на горе, которая с тех пор называется Джебель-Фередис (Райская гора). Из других династий, царствовавших в Иерусалиме, остались только Маккавеи, но по достоверным источникам известно, что их гробницы находятся не в Иерусалиме, а в Модине.
Есть версия и о том, что в царских гробницах почили представители династии, правившей до Вавилонского плена. Многие иудейские источники называют эти гробницы «большим гротом Седекии». Например, один еврейский паломник из Ливорно в XV веке писал: «Недалеко от Дамасских ворот на север находятся катакомбы Седекии, идущие далеко под землею. Многие рассказывали мне, что они тянутся на полчаса пути и так просторны, что в них можно проезжать верхом на лошади и с факелом в руке».
Седекия был последним царем перед Вавилонским пленением евреев, но времени его царствования не хватило бы для сооружения гробниц. Поэтому можно предположить, что Седекия упоминается только как последний царь из целого ряда иудейских царей — устроителей этих величественных гробниц. То обстоятельство, что умерший в Вавилоне Седекия был погребен в Иерусалиме, не опровергает этого предположения. По всей вероятности, возвращавшиеся из плена евреи, как некогда их предки при исходе из Египта, взяли с собой прах наиболее замечательных лиц, умерших в Вавилоне.