Защитники версии о христианском происхождении катакомб считают, что первые христиане действительно сами рыли длинные галереи и вытаскивали на поверхность землю, хотя у древних авторов свидетельств об этом мало Собственно, о катакомбах не упоминается ни в одной языческой летописи, но зато в них часто встречается название Arenanum (или Агепапае), означающее место, где добывали песок или вообще любой строительный материал. Цицерон, например, рассказывает, что некий молодой человек был увлечен женщиной в одно из таких мест и чуть было не поплатился жизнью. У Светония можно прочитать, что императору Нерону, когда заговорщики готовились захватить его, Фоан посоветовал скрыться в «аренарий», но тот отказался, сказав, что «не хочет быть погребенным заживо». Подобные свидетельства доказывают, что уже в древности катакомбы были каменоломнями, которыми впоследствии и воспользовались первые христиане, устроив в них свои кладбища и усыпальницы. Тут же были и их первые церкви и часовни, возводимые чаще всего над могилами мучеников.
Сами римляне не хотели проникать в катакомбы из-за обычая христиан хоронить своих покойников, для них такой обычай был омерзительным: своих мертвых римляне сжигали. Трупы умерших христиан располагались один над другим — в выдолбленных каменных углублениях длиной в человеческий рост. Покойников клали без гроба, завернув их тела в чистый холст, уснащенный ароматическими травами. Положив в нишу тело умершего, христиане закрывали отверстие мраморными плитами или кирпичами, на которых иногда писали имя покойного, а иногда — один из христианских символов (крест, пальмовую или оливковую ветвь, голубя, агнца и т. д.).
Узкие и низкие коридоры-галереи лишь изредка прерываются круглыми или квадратными залами (cubicula), служившими для семейных собраний. Сюда приходили в годовщину смерти молить о милости Божьей к усопшим, читать священные книги и петь гимны в честь в Бозе почивших. В склепах, переполненных телами умерших, и среди торжественной тишины первым христианам казалось, что они сливаются с теми, кого потеряли. Живые молятся за умерших, а те, наслаждаясь неземным блаженством, помогают живущим своим заступничеством.
В римских катакомбах можно прочитать и первоначальную историю христианства. Галереи, открыто выходящие на большие дороги, и проделанные в подземельях отверстия для снабжения катакомб свежим воздухом говорят о времени спокойного существования первых христиан, когда они полагались на терпимость римских властей. И действительно, первые два века христианства римские императоры не издавали специальных запретов относительно подземных христианских кладбищ. А вот темные потайные ходы и извилистые галереи, наоборот, свидетельствуют об эпохе гонений, когда в гневе императоры приказывали заложить входы в известные катакомбы. И тогда многие христиане погибали без пищи и воздуха, о чем подробно рассказано у святого Киприана, Евсевия, Тертуллиана и других авторов. Первая тревога поднялась даже не в Риме, а в Карфагене, где в 203 году вспыхнуло восстание именно из-за христианских кладбищ. Враги новой веры поняли, что в своих катакомбах христиане могут свободно собираться для молитв, и потребовали, чтобы больше не отводили земли под христианские кладбища.