Однако для возведения таких базилик надо было устраивать фундаменты, отчего катакомбы иногда обнажались вплоть до могил мучеников, и многие из них испортились или даже полностью разрушились. Вот тогда епископ Дамас и решил привести их в порядок, чтобы сохранить от дальнейшего разрушения. По его распоряжению из катакомб была вынесена земля, которой они были засыпаны во время гонений на христиан; многие пещеры обложили мрамором, укрепили их своды и стены, устроили отверстия для воздуха и света… И множество народа отовсюду шло посмотреть и помолиться обновленным могилам.
Однако вскоре епископ Дамас увидел, что усердие богомольцев грозит нарушить установленный в катакомбах порядок. Некоторые из них даже просили могильщиков разрывать самые могилы и хоронить в них умерших, других погребали в полу коридоров без всякого порядка, ради новых могил портили изображения и надписи на старых. Все это огорчало епископа Дамаса, и он решил положить конец неумеренному усердию своей паствы. Сам он заблаговременно начал готовить себе могилу, но не в катакомбах, а на поверхности земли. В надписи, оставленной им в катакомбах святого Каллиста, сказано: «Здесь… я желал бы сложить свои кости, но убоялся потревожить священный прах святых». Его примеру последовали, видимо, и другие священники, и до 400 года в катакомбах хоронили вдвое меньше, а к середине V века уже неизвестно ни одного нового захоронения.
С этого времени в истории катакомб начинается период забвения. Рим несколько раз подвергался нападению варварских племен, которые разрывали катакомбы и могилы мучеников и уносили мощи святых, чтобы поместить их в своих церквах в качестве святынь и реликвий. В промежутках между набегами врагов римские епископы пытались восстанавливать утраченное, но следующие набеги вновь все превращали в развалины и решено было кости мучеников перенести в церкви Рима, чтобы там они находились в большей безопасности. В июле 817 года в город было переправлено 2300 мощей особо чтимых христианских мучеников, и после этого в катакомбы постепенно ходить перестали. Они осыпались и разрушались…
Вскоре после нового открытия римских катакомб появился человек, который всю жизнь посвятил их исследованию и изучению. Случалось, он подвергался опасности заблудиться в подземных коридорах, умереть с голоду или быть засыпанным… Это был Антоний Бозио, которого прозвали «колумбом катакомб». Он пришел в Рим с острова Мальта и целых 36 лет занимался изучением катакомб, но все равно не успел все описать, зато показал, как следует изучать их.