Вскоре А. И. Егоров был отстранен от должности, а пришедший на его место Б. М. Шапошников не довел до конца дело реконструкции структуры Генерального штаба, что неудивительно, так как в те страшные годы И. В. Сталин просто не желал прислушиваться к голосу военных специалистов. Вот и пришлось заниматься этим важным вопросом уже в боевой обстановке.
Тем не менее перед войной Б. М. Шапошников сделал практически все возможное, чтобы подготовить армию к надвигающейся войне. Еще в 1940 году при разработке нового оперативного плана войны под его руководством был сделан правильный вывод о концентрации основной группировки противника севернее устья реки Сан и в Восточной Пруссии. Справедливо полагалось также, что противник нанесет главный удар в направлении Варшава — Минск — Москва.
В сентябрьском плане 1940 года при С. К. Тимошенко и К. А. Мерецкове эти выводы еще сохранялись, а вот в майском 1941 года, когда в должность начальника Генштаба заступил Г. К. Жуков, приоритеты сменились. Предполагалось, что основная группировка противника сосредоточится южнее Варшавы в районе Люблин — Сандомир — Томашов, нанося главный удар в направлении Киева. Этот вывод, как показала война, был крупным стратегическим просчетом.
Разумеется, как заместитель Наркома обороны, Б. М. Шапошников мог высказать свое мнение в отношении оперативного плана, но он предпочел промолчать. Не захотел он твердо отстаивать свое мнение и по некоторым другим вопросам — строительству УРов, например, бессмысленности и вредности для государства советско-финляндской войны. Причиной тому был страх, о чем мы уже говорили выше. Б. М. Шапошников знал, что после ареста и расстрела А. И. Егорова должна была наступить его очередь, но спасло его, видимо, то, что И. В. Сталин понял: Б. М. Шапошников остался единственным военным руководителем, хорошо разбирающимся в штабной работе.
Тем не менее, как постоянный сотрудник высшего штабного органа, он был обязан заниматься оперативным планированием войны, ибо кроме него выполнить эту работу никто не мог. К. А. Мерецков и Г. К. Жуков занимали пост начальника Генштаба недолго — по четыре месяца каждый. Внести за такое короткое время разумные предложения в оперативный план было невозможно.
Серьезным недостатком в деятельности Генерального штаба при Б. М. Шапошникове была неподготовленность командных пунктов управления войсками, включая командный пункт Ставки. Несовершенной оставалась система связи Вооруженных Сил, опиравшаяся в основном на государственную телефонную сеть, а по ВЧ — на сеть НКВД. Зато несомненной заслугой Бориса Михайловича является создание советской штабной школы, на базе которой были воспитаны лучшие представители оперативных штабов А. М. Василевский, М. С. Малинин, Г. К. Маландин, А. И. Антонов и другие. В том, что А. М. Василевский так быстро и успешно достиг стратегических высот военного управления, безусловно, есть заслуга Б. М. Шапошникова.