Известно, что члены Политбюро ЦК ВКП(б) убеждали И. В. Сталина лично возглавить Ставку, но он с этим предложением упорно не соглашался. Это дало повод некоторым ученым-историкам объяснить причину отказа желанием снять с себя ответственность за неудачи в начале войны и полностью переложить ее на военное руководство.
Учитывая, что в Великой Отечественной войне участвовала вся страна, весь народ, а не только Вооруженные Силы, для руководства деятельностью государственных ведомств Указом Президиума Верховного Совета СССР от 30 июня 1941 года был образован чрезвычайный орган — Государственный комитет обороны (ГКО) в составе: И. В. Сталин (председатель), В. М. Молотов (заместитель), К. Е. Ворошилов, Г. М. Маленков, Л. П. Берия. Позже в него были включены А. И. Микоян, Н. А. Вознесенский, Л. М. Каганович, Н. А. Булганин. Государственный комитет обороны действовал на протяжении всей войны и был упразднен лишь 5 мая 1945 года, также Указом Президиума Верховного Совета.
В июле Постановлением ГКО № 10 был упразднен пост председателя Ставки Главного Командования, а сама Ставка преобразована в Ставку Верховного Командования, куда вошел Маршал Советского Союза Б. М. Шапошников вместо адмирала Н. Г. Кузнецова. Остальные действующие лица остались прежними.
8 августа Верховным Главнокомандующим был утвержден И. В. Сталин, а Ставка ГК получила статус Ставки Верховного Главнокомандования. Ее членами остались С. К. Тимошенко, В. М. Молотов, К. Е. Ворошилов, С. М. Буденный и Г. К. Жуков. Кроме того, был включен Б. М. Шапошников и выведен из ее состава Н. Г. Кузнецов.
Таким образом, высший орган стратегического руководства в стране был сформирован на 48-е сутки войны болезненным методом проб и ошибок. А ведь И. В. Сталину были хорошо известны авторитетные в Вооруженных Силах мнения первого начальника Штаба РККА П. П. Лебедева, первого начальника Генштаба РККА А. И. Егорова, а также одного из самых видных советских специалистов в области стратегии А. А. Свечина о том, что управление Вооруженными Силами с началом войны не должно претерпевать серьезных изменений своей структуры. Должны лишь измениться его функции путем перевода органов управления с мирного на военное положение. Тем не менее он, тасуя своих приближенных, как колоду карт, искал наиболее приемлемую, с его точки зрения, форму управления механизмом войны. В результате всех перестановок и переименований И. В. Сталину удалось сконцентрировать в своих руках практически полную и безраздельную власть над армией и народом. Отныне он занимал шесть должностей: члена Политбюро, Генсека ЦК ВКП(б), председателя ГКО, председателя СНК, Наркома обороны и Верховного Главнокомандующего.