В соответствии с Постановлением ГКО № 300 от 28 июля 1941 года из Генштаба были переданы в состав:
а) вновь созданного Главного управления формирования и укомплектования войск — организационное и мобилизационное управления, управление по укомплектованию войск;
б) аппарата начальника тыла Красной Армии — отдел военных сообщений;
г) управление устройства тыла и снабжения в июле 1941 года было преобразовано в Управление устройства тыла, вооружения и снабжения Генерального штаба, а в августе оно было передано в аппарат начальника тыла Красной Армии, кроме отделов общего планирования, организации и устройства тыла.
Произошли необходимые изменения в управлениях, в частности, были созданы направления на каждый действующий фронт в составе начальника направления, его заместителя и 5—10 офицеров-операторов.
Кроме того, была создана специальная группа офицеров (корпус офицеров ГШ) для связи с войсками, проверки исполнения директив, приказов и распоряжений Верховного Главнокомандования, Наркома обороны и Генерального штаба, обеспечения Генштаба оперативной, непрерывной и точной информацией об обстановке, для помощи штабам и войскам.
В соответствии с изменением оргструктуры были уточнены функции, задачи и обязанности в целом Генштаба и его управлений. Но главное внимание его сосредоточивалось на оперативно-стратегических вопросах, всестороннем и глубоком изучении обстановки, на анализе и обеспечении решений Ставки Верховного Главного Командования в организационном отношении.
В результате реорганизации Генштаб стал более работоспособным, оперативным органом и смог гораздо результативнее выполнять возложенные на него задачи на протяжении всей войны. Конечно, совершенствование оргструктуры Генштаба осуществлялось в ходе войны, но оно было весьма незначительным.
Для слаженной и плодотворной деятельности необходимо было упорядочить работу отделов, управлений и в целом Генерального штаба. Нужен был определенный порядок круглосуточной работы. Об этом было доложено И. В. Сталину еще в бытность начальником Генштаба Г. К. Жукова.
Распорядок дня Генерального штаба был определен приказами № 0095[104] и № 006955[105] за подписью начальника оперативного управления генерал-майора А. М. Василевского. Следует отметить, что он был привязан к регламенту Верховного Главнокомандующего. Распорядок работы Генштаба был одобрен И. В. Сталиным и никогда не нарушался. Время, место работы и отдыха начальника Генерального штаба и его заместителей были определены Верховным лично. Бывали случаи, когда он напрямую для выяснения каких-то вопросов звонил в кабинет начальника оперативного управления, и если А. М. Василевский отдыхал, то он приказывал: «Василевского не будить», а что надо, выяснял у дежурного генерала.