Отсутствие подлинного вождя, опытного морского начальника, Магеллана, вскоре сказывается в неуверенности курса, взятого уменьшившейся до столь ничтожных размеров флотилией. Точно слепые или ослепленные, ощупью бредут суда среди островов Зондского архипелага. Вместо того чтобы взять курс на юго-запад к Молуккским островам, совсем уже близким, они неуверенными зигзагами, то устремляясь вперед, то снова возвращаясь вспять, блуждают в северо-западном направлении. Целых полгода потрачено в этих бесцельных скитаниях, приводящих суда и к Манданао и к Борнео. Но еще резче, чем в этой неуверенности курса, отсутствие прирожденного вождя сказывается в падении дисциплины. Под суровым управлением Магеллана не было ни грабежа на суше, ни пиратства на море; неуклонно соблюдался строгий порядок и отчетность. Ни на минуту не забывал Магеллан, что звание адмирала королевской флотилии обязывает его даже в самых дальних странах блюсти честь испанского флага. Его жалкий преемник Карвальо, обязанный своим адмиральским званием лишь тому, что раджи Мактана и Себу умертвили всех старше его по чину, не знает нравственных сомнений. Он пиратствует, без зазрения совести забирая все, что попадается на пути. Любую повстречавшуюся джонку грабят. Выкуп, взимаемый при этих оказиях, Карвальо, нимало не стесняясь, кладет в собственный карман, объединив в своем лице и счетовода и казначея. В то время как Магеллан во имя дисциплины не допускал на борт ни единой женщины, Карвальо перевозит с ограбленной им джонки на корабль трех туземок под предлогом принесения их в дар королеве испанской. В конце концов экипажу наскучил этот новоявленный паша. . Убедившись (сообщает дель Кано), что он заботится не о служении королю, а только о собственной выгоде, моряки попросту прогоняют с должности своего обзаведшегося гаремом начальника и заменяют его триумвиратом в составе капитана "Тринидад" Гомеса де Эспиноса, капитана "Виктории" Себастьяна дель Кано и облеченного званием командира армады кормчего Понсеро.
Но суть дела от этого не меняется, оба судна продолжают бессмысленно описывать круги и зигзаги; правда, в этих густо населенных краях сбившиеся с пути моряки с легкостью пополняют посредством меновой торговли и грабежа запасы продовольствия, но великая задача, во имя которой Магеллан дерзнул предпринять это плавание, как будто и вовсе забыта ими. Наконец, счастливая случайность помогает им выбраться из лабиринта Зондских островов. На повстречавшемся им малайском судне, которое они захватывают, по своему пиратскому обыкновению, в их руки попадает человек родом из Тернате; он-то должен знать путь на свою родину, путь к вожделенным "Островам пряностей". И действительно, ему известен этот путь, известен и друг Магеллана Франсишку Серрано; наконец-то нашелся проводник, с помощью которого прекратятся их блуждания. Последнее испытание преодолено, теперь они могут прямиком устремиться к цели, к которой за эти недели бессмысленных скитаний уже не раз приближались, но в своем ослеплении обходили стороной. Теперь несколько дней спокойного плавания больше приближают их к ней, чем шесть месяцев нелепых поисков. 6 ноября они видят, как вдали из моря вздымаются горы, вершины Тернате и Тидора. Блаженные острова достигнуты.