В начале февраля 1686 года постройки Воеводского двора сгорели во время большого пожара, и воевода боярин П.В. Шереметев строит новый Воеводский двор на месте старого. На возведение его собирают деньги с городского и уездного населения, тратятся деньги из государственной казны, причем московские власти даже не ставятся в известность. Новый Воеводский двор занял весь юго-западный участок Детинца, но число его построек было невелико. Главным служебным помещением стала «тройня» — изба, состоявшая из двух больших комнат, разделенных сенями. Она располагалась поблизости от Покровской башни и церкви: из ее передних сеней в церковь и на крепостную стену был сделан переход с лестницами и перилами Рядом с «тройней» поставили «двойню» — избу из двух комнат с печами, подклетами и т д.
Строительство Воеводского двора в 1686 году было не только невеликим, но и не отличалось хорошим качеством. Поэтому уже через 6 лет воевода Прозоровский просит у Москвы разрешения на возведение нового Воеводского двора, который и был сооружен к концу XVII века «каменных дел подмастерьем» С.Л. Ефимовым.
Значительное обновление стен и башен новгородского Детинца произвел Петр I ввиду ожидавшегося нашествия шведов. Но в XVIII веке многие русские крепости, потерявшие свое былое назначение, начали понемногу рушиться. В связи с этим в 1743 году императрица Елизавета Петровна издала указ, по которому во всех городах и провинциях ветхие крепостные сооружения и прочие казенные здания следует отремонтировать по усмотрению местной администрации, а если это невозможно, то опасные места и здания разобрать. Состояние новгородского Детинца к середине XVIII века сделалось угрожающим, и городские власти, опасаясь обвалов, не раз обращались в Сенат с просьбой выделить средства на ремонт крепостных стен и башен.
В начале 1817 года из Петербурга в Новгород был отправлен «каменный мастер» Иосиф Лукини, представивший по возвращении в столицу планы и отчет, по которым следовало: «Сие древнее сооружение, близкое к разрушению, сломать до основания и построить новое». К счастью, это безумное предложение не нашло поддержки в Строительном комитете, и, чтобы окончательно выяснить ситуацию с новгородским Детинцем, в город был отправлен адъюнкт-профессор архитектуры А.И. Мельников. Ему предписывалось подробно объяснить, «в чем ветхости или повреждения крепости» и «какие средства могли бы быть единственными и надежными к исправлению оных». Выполнив все пункты задания Строительного комитета, А.И. Мельников составил смету на ремонт крепостных стен и башен — 53 665 рублей. Его предложение было одобрено, и деньги на строительство выделили.