Куперен был добр, отзывчив, общителен. Он, в частности, дружил с некоторыми парижскими музыкантами — органистом Гарнье, композиторами Форкере и Маре. С 1685 года Куперен работал органистом в церкви Сен-Жерве. Здесь, будучи одним из органистов «Капеллы», он играл на органе соло, аккомпанировал певцам, исполнял партию органа в оркестре, а также обучал музыке членов королевской семьи.
Путешествовал Куперен мало. Он практически никуда не выезжал, исключая короткие посещения родины отца городка Шоман-Бри и некоторых поместий, расположенных недалеко от Парижа.
Завершив работу в церкви Сен-Жерве, Куперен оказался в Версале и служил при дворе как органист и клавесинист, а также сочинял музыку для королевских концертов и преподавал игру на клавесине, искусство аккомпанемента и композицию, состоя придворным учителем музыки. Он, в частности, учил сына и дочерей Людовика XIV.
Наличие таких знатных учеников гарантировало в дальнейшем их покровительство. Они помогали музыканту вплоть до выплаты пенсии при жизни и при получении, пусть и незначительных, почестей, титулов, герба.
Зарабатывал Куперен хорошо, он получал 600 фунтов, как королевский органист, около 2000 фунтов за уроки принцам и еще несколько тысяч фунтов — за уроки горожанам, отдельные концертные выступления, продажу произведений.
Положение Куперена при дворе было достаточно сложным. «Куперена ценили и как композитора, и как клавесиниста, и как органиста, наконец, как педагога, — пишет Я.И. Мильштейн. — Он пользовался доверием и расположением самых могущественных герцогов, дофинов и даже самого короля. С другой стороны, деятельность Куперена при дворе имела и несколько иной оттенок. Приходилось приспосабливаться к вкусам и прихотям знатных вельмож, считаться с постоянными „ограничениями“ и „сдерживаниями“, к чему, в сущности, сводилась художественная политика двора. И это порой стесняло, заставляло делать не то, что хотелось. Но при всем том Куперен постоянно сохранял внутреннее достоинство художника. Условности, этикет, подобострастие, ложь, царившие при дворе, словно не коснулись его. Он не стал, как иные, честолюбивым, завистливым, тщеславным и алчным, не ожидал наград и милостей. Ненависть представлялась ему, как Лабрюйеру, „бессильной“, зависть — „бесплодной“; излечиться от этой „застарелой заразительной болезни души“ можно лишь путем отказа от „пресмыкательства и приниженности“. Больше того: он не умел, да и не хотел извлечь выгоды из своего положения; вспомним, что его пенсионы, пожалования и патенты были весьма умеренными. Он ничего не пытался делать для себя. Не заискивал перед знатью, не лебезил перед своими высокими покровителями, не унижался, не ходатайствовал сам за себя. Словом, он оставался далеким от предрассудков, превыше всего ценя внутреннюю свободу музыканта».