Центром нового театра стала итальянская оперная труппа, за которую Виотти взялся с великим энтузиазмом. Однако революция положила конец театру. Мартини «в наиболее бурный момент революции принужден был даже скрываться, чтобы дать забыть свои связи с двором». Виотти было не легче: «Поместив почти все, что у меня было, в антрепризу Итальянского театра, я испытал ужасный страх при приближении этого страшного потока. Сколько у меня было хлопот и на какие мне пришлось пускаться сделки, чтобы выпутаться из затруднительного положения!» — вспоминает Виотти в автобиографии, цитируемой Е. Герон-Алленом.
После закрытия театра в 1791 году Виотти решает покинуть Францию. Накануне ареста королевского семейства он бежал из Парижа в Лондон. В столицу Англии, где его ждал радушный прием, музыкант попал в июле 1792 года. В июле следущего года Виотти выехал в Италию в связи со смертью матери и чтобы позаботиться о братьях, бывших еще детьми. До возвращения на острова в 1794 году скрипач побывал также в Швейцарии, Германии, Фландрии.
В 1794–1795 годах в Лондоне Виотти ведет напряженную концертную деятельность. Он выступает почти во всех концертах, организованных известным немецким скрипачом Иоганном Петером Саломоном, концерты которого пользовались огромной популярностью.
Виотти конечно же не мог не втянуться в организаторскую деятельность. Он участвует в управлении Королевским театром, взяв на себя дела Итальянской оперы. После ухода В. Крамера с должности директора Королевского театра Виотти становится его преемником.
В 1798 году ему весьма неожиданно предъявили полицейское обвинение во враждебных замыслах против Директории, пришедшей на смену революционному Конвенту, и в том, что он находился в связи с некоторыми из вождей французской революции. Музыканту дали сутки на то, чтобы покинуть страну.
Виотти обосновался неподалеку от Гамбурга. В течение трех лет он сочинял музыку, переписывался с одной из своих самых близких английских приятельниц — Чиннери. Он также занимался с Фридрихом Вильгельмом Пиксисом, впоследствии известным чешским скрипачом и педагогом.
В 1801 году Виотти, получив разрешение, возвращается в Лондон. Не имея возможности заняться музыкой, он по совету Чиннери занялся… виноторговлей. Это был очередной неразумный шаг. Виотти довольно быстро разорился. Из завещания Виотти, датированного 13 марта 1822 года, следует, что он так и не рассчитался с долгами, которые у него образовались в связи со злосчастной торговлей. Он писал, что душа его разрывается на части от сознания, что он умирает, не возместя долга Чиннери в размере 24 000 франков, которые она ему ссудила на виноторговлю. «Если я умру, не выплатив этого долга, я прошу распродать все, что только у меня найдется, реализовать это и отослать Чиннери и ее наследникам».